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Questa pratica inizia quando Alberto di Brandeburgo, vescovo di Magdeburgo, deve pagare una tassa a Roma per l'incarico di vescovo di Magonza.
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Martin Lutero, teologo ed accademico tedesco, pubblica 95 tesi: in esse sostiene che il pontefice non può concedere la remissione di una pena decretata da Dio. Una copia delle tesi fu inviata a Alberto da Brandeburgo, che ne era il destinatario più immediato. Questo lo manda a Roma, coinvolgendo anche il Papa.
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Con la morte del nonno paterno Massimiliano I, Carlo, re di Spagna da tre anni, concorre per la successione imperiale. Gli altri pretendenti sono Enrico VIII d'Inghilterra e Francesco I. L'imperatore viene votato da sette elettori: gli arcivescovi di Magonza, Colonia e Treviri e i signori laici di Boemia, del Palatinato, Sassonia e Brandeburgo.
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Lutero pubblica alcuni scritti in cui polemizza aspramente contro Roma e traccia gli elementi essenziali della propria dottrina. Non critica la Chiesa solamente dal punto di vista morale, ma anche da quello dottrinale
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A Worms si riunisce una dieta a cui partecipa anche Carlo V. Lutero, dopo aver rifiutato di ritirare le sue affermazioni, viene condannato dell'imperatore. Per sottrarlo al pericolo del rogo, un gruppo di cavalieri inviati da Federico di Sassonia conduce il monaco al sicuro nel castello di Wartburg.
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La guerra dei contadini è un movimento complesso, in cui i rivoltosi redigono un programma di dodici articoli in cui raccolgono le loro rivendicazioni, tra cui la diminuzione delle decime e l'abolizione della servitù della gleba. Il sacerdote Müntzer è a guida più influente della rivolta, aspira al cristianesimo originario e alla redistribuzione delle ricchezze per l'eguaglitarismo e fonda il movimento degli anabattisti.
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Viene sancita la separazione tra cattolici e riformatori. Alcuni principi seguaci di Lutero decidono di protestare, facendosi chiamare "protestanti".
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I protestanti presentano la formulazione ufficiale della loro religione nella Confessio augustana; le trattative per l'unità religiosa nazionale falliscono e l'imperatore Carlo V decide di combattere il movimento protestante.
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LA Germania si trova sull'orlo di una guerra fraticida, quindi i protestanti si uniscono nella Lega di Smalcalda a scopi difensivi.
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Enrico VIII viene scomunicato dal pontefice per aver sposato Anna Bolena; con l'Atto di supremazia si proclama capo della Chiesa anglicana, ordina la soppressione dei monasteri e proibisce l’uso del latino promuovendo la traduzione in inglese della Bibbia. Enrico VIII perseguita i protestanti, solo nel 1549 con l’Atto di uniformità viene stabilito che il culto ufficiale deve essere accettato dai sudditi.
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Si svolgono i colloqui tra cattolici e protestanti nella città bavarese di Ratisbona.
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Il pontefice Paolo III emana una bolla con la quale costituisce l’inquisizione romana, l'istituzione fondata dalla Chiesa cattolica per indagare, mediante il tribunale del Sant’Uffizio, sui sostenitori di teorie eretiche.
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Negli anni precedenti al 1545 Lutero ha attaccato il potere ecclesiastico accusandolo di degenerazione morale e spirituale, minando il consenso della Chiesa di Roma. Durante il concilio di Trento si cerca di rispondere agli attacchi protestanti, di perfezionare gli strumenti di difesa della fede cattolica e di avviare un rinnovamento morale interno.
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Il Concilio si tiene tra il 1545 e il 1563 fra Trento e Bologna. I papi coinvolti sono: Paolo III (fino al 1551) , Giulio III (dal 1551 al 1555), Marcello II (fino ad aprile-maggio del 1255) e Paolo IV.
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Nel 1555 viene siglata la pace di Augusta e ai principi viene data la facoltà di scegliere tra la fede luterana e quella cattolica. Allo stesso tempo viene però affermato il "principio cuius regio eius religio", grazie al quale i principi possono imporre le loro scelte religiose ai propri sudditi; a loro resta la possibilità si emigrare liberamente in un'altra parte dell'impero governata da un principe della loro stessa confessione religiosa.
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Nel 1562 Caterina de’ Medici concede ai calvinisti la libertà di culto. La famiglia dei Guisa si oppone uccidendo un gran numero di ugonotti e dando origine alla prima guerra di religione francese. Un anno dopo questa si conclude con l’editto di Amboise, ma dopo non molto tempo scoppiano altre violenze. Nel 1570, con la pace di Saint-Germain, gli ugonotti ottengono il diritto di mantenere le proprie roccaforti.
