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Supõe-se que tenha nascido entre os anos de 1380 e 1390, com uma provável origem familiar vilã e mesteiral.
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Em 1418 Fernão Lopes era escrivão do Infante D. Duarte e guarda-mor da Torre do Tombo, cargo de alta confiança em que era encarregado de guardar e conservar os arquivos de Estado. Em 1419, foi citado como "escrivão dos livros" de D. João I, e deve ter sido por esta altura que foi incumbido por D. Duarte de colocar os feitos dos Reis portugueses na forma de crónica.
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O escrivão da puridade era um alto funcionário da Coroa de Portugal, durante a Idade Média e o Renascimento. O cargo foi criado no século XIII, competindo-lhe inicialmente a função de escrivão ou secretário pessoal do Rei de Portugal, com a responsabilidade de lidar com os seus documentos particulares e assuntos mais reservados.
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Pouco depois de D. Duarte subir ao trono, em 1433, o rei concedeu-lhe uma tença vitalícia de 14 mil réis anuais, como recompensa pelos serviços que já prestara e pelos que ainda prestaria. D. Duarte concedeu-lhe também uma carta de nobreza e o título de vassalo d'el-rei.
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Em 1437 aparece como tabelião-geral do Reino, mas diz Teresa Amado que provavelmente já desempenhava esta função há muitos anos. Continuou como cronista oficial durante a regência do Infante D. Pedro e o governo de D. Afonso V.
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1ª parte – descreve o que se passou entre a morte de D. Fernando e a subida ao trono de D. João I, Mestre de Avis.
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em 1448, D. Afonso nomeia Gomes Eanes de Zurara cronista oficial do Reino em seu lugar, mas ao que parece Lopes continuou a trabalhar com o seu sucessor durante algum tempo. Permanecia, porém, guarda-mor da Torre do Tombo, como prova uma tença outorgada pelo rei neste ano
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Em 1454, em virtude da idade avançada, foi aposentado das funções de guarda-mor da Torre do Tombo, sendo substituído por Zurara.
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A última informação conhecida sobre Fernão Lopes dá conta de que ainda vivia em 1459, quando contestou os direitos de um neto ilegítimo à sua herança.
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A data de sua morte é incerta. Segundo informações no prefácio da Chronica de El-Rei D. Pedro I, escrito por Luciano Cordeiro, após deixar a função de guarda-mor, Fernão Lopes teria ainda vivido por mais cinco anos, falecendo próximo aos 80 anos de idade.