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Las evaluaciones internas se llevaron a acabo en los Sistemas Nacionales de salud, educación y seguridad, pero los resultados eran utilizadas sólo en la dependencia evaluada
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En este periodo, la acción gubernamental no se medía por la infraestructura creada, por la escasez de recursos y el gasto en la pobreza el Estado mexicano, los sectores de la opinión pública se interesaron en la calidad, eficiencia y rentabilidad de los servicios, se crean (PRONASOL)
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México quedó en los últimos lugares en desempeño lingüístico y matemático en educación básica, quedaba al descubierto una política educativa nacional con malos resultados, tomar la decisión de esconder los resultados y censurar la evaluación fue otra decisión errónea del gobierno.
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La evaluación de impacto de los programas PROGRESA/OPORTUNIDADES, se realizó con un diseño experimental hasta el 2000 y ha sido implementada por varios investigadores e instituciones independientes, nacionales e internacionales, y fue el parteaguas de programa de transferencias condicionadas con más credibilidad que las anteriores.
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El mandato en el decreto dela Ley de Egresos de la Federación de realizar evaluaciones externas independientes en forma anual se generalizó en todos los programas dirigidos con reglas de operación.
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En el artículo 25 de la Ley e Ingresos y al decreto del PEF, obliga al Ejecutivo a través de la SHCP presentar un estudio sobres la distribución de impuestos y beneficios del gasto público, para informar sobre las decisiones presupuestales en la SHCP y la Cámara de Diputados, estas evaluaciones son superficiales, además que no incluyen evaluaciones de impacto
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En la tercera fase de la consolidación de la evaluación de políticas públicas en México, se crea el Instituto Nacional para la Evaluación de la EDUCACIÓN (INNE).de esta manera se realizan evaluaciones que se han traducido la publicación y generación de numerosas evaluaciones nacionales (Estándares Nacionales, Excale) e internacionales (LLECE, TIMSS, PISA)
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Otra de las instituciones técnicas para la evaluación independiente es el Consejo Nacional de Evaluación de la Política de Desarrollo Social (CONEVAL), responsable de coordinar las evaluaciones de desarrollo social y medición de la pobreza.
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La SEP en la administración del 2006, como una forma de demostrar mayor apertura y transparencia, se realiza una evaluación censal con la Evaluación Nacional de Logro Académico en Centro Escolares ( ENLACE), con una rendición de cuentas directo a los padres de familia.
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Con la creación del CONEVAL y la Ley General de Desarrollo Social, ofrece la posibilidad de resolver los problemas de determinantes socioeconómicos con la Metodología del Marco Lógico, y la matrices de indicadores de resultados.
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Se generaliza en los gobiernos estatales y municipales la aplicación del sistema E&M en el contexto del proceso presupuestal. bajo el concepto del Presupuesto Basado en Resultados (PBR) y la vinculación del Sistema de Evaluación del Desempeño (SED).
