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L'Islam è una religione monoteista sviluppatasi nella penisola araba, nel VII secolo d.C. Già dai primi tempi, gli islamici furono spesso oggetto di abusi e persecuzioni; lo stesso Maometto fu sottoposto a tali abusi, infatti iniziò così l'egira.
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Dal 1096 al 1099.
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Il 7 maggio 1099 i Crociati raggiunsero Gerusalemme e nei giorni successivi, entrarono nella città e uccisero quasi tutti gli abitanti di Gerusalemme: musulmani, ebrei e persino i cristiani orientali.
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Dal 1145 al 1149.
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Dal 1189 al 1192.
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Dal 1202 al 1204
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Dal 1217 al 1221
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Dal 1228 al 1229
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Dal 1260 in poi si sono verificati attacchi sporadici contro i gli Alawiti, un gruppo religioso che crede nella natura divina di Ali e che, dopo le varie persecuzioni, si sono stanziati nelle zone più remote e montagnose della Siria.
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Nel 1513 il Sultano ottomano Selim I "Il Ponderato" ordinò il massacro di 40.000 musulmani sciiti "eretici" in Anatolia.
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Tra il 1648 ed il 1878, circa dodici milioni di mussulmani cinesi organizzarono numeroso rivolte, tutte sedate duramente dal governo cinese: fu un vero e proprio genocidio.
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In particolare durante il conflitto del Kosovo (1998-1999), i musulmani sono stati vittime di uccisioni di massa. I massacri di Ljubenić sono una serie di omicidi di musulmani albanesi del Kosovo, commessi dalla polizia serba nel villaggio di Ljubenić. .
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Nei massacri di Drenica, nel Kosovo centrale, forze speciali di polizia della Serbia hanno attuato una campagna di "pulizia etnica",uccidendo un grande numero di mussulmani albanesi del Kosovo.
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L'operazione Allied Force è la campagna di attacchi aerei portata avanti dalla NATO per circa due mesi contro la Repubblica Federale di Jugoslavia, in cui le atrocità più gravi hanno avuto luogo nei villaggi di Izbica, Rezala, Poklek, Qikatova e Vjetër.
