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Pequeños grupos rebeldes (ex-FLN) y comunidades indígenas establecen lo que sería el Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN); la organización permanece en la clandestinidad durante la década siguiente hasta su aparición pública.
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El gobierno de Carlos Salinas impulsa reformas que permiten la privatización/mercantilización de tierras ejidales; este cambio jurídico y la preparación del TLC/NAFTA generan amplio rechazo rural e indígena y son un antecedente directo de la protesta zapatista.
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El EZLN sale públicamente y realiza ocupaciones armadas en varios municipios de Chiapas el mismo día en que entra en vigor el NAFTA. La acción busca visibilizar la situación de indígenas y campesinos frente al neoliberalismo. (Fecha y aparición pública documentada y comentada en el documental).
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Tras combates y presión mediática nacional e internacional, se establece un alto al fuego y se abren mesas de diálogo entre EZLN y gobierno; la atención pública y mediática crece.
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El EZLN y el gobierno firman los Acuerdos de San Andrés (reconocimiento de derechos indígenas y autonomía parcial). Aunque representaron un avance negociado, su implementación posterior sería objeto de disputas y frustraciones.
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El movimiento construye redes de solidaridad dentro y fuera de México (listservs, sitios web, medios alternativos); el uso eficaz de la red permitió difundir comunicados y organizar apoyos y movilizaciones internacionales.
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En los años posteriores los zapatistas desarrollan estructuras propias de gobierno autónomo (Municipios Autónomos Rebeldes Zapatistas — MAREZ — y espacios de encuentro llamados “Aguascalientes”), que son experiencias de autogobierno y cultura política comunitaria.
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Un grupo de zapatistas recorre gran parte del país y llega al Zócalo de la Ciudad de México en marzo de 2001; la marcha volvió a colocar en el centro del debate público la demanda de cumplimiento de los Acuerdos de San Andrés.
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El EZLN anuncia la reorganización de su estructura civil: desaparecen los Aguascalientes y se crean los Caracoles y las Juntas de Buen Gobierno, nuevas instancias regionales de autonomía y coordinación política/militar. Es un hito institucional en la experiencia autonómica zapatista.
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Más de 40 mil bases de apoyo zapatistas marcharon en silencio en ciudades de Chiapas (San Cristóbal de las Casas, Ocosingo, Las Margaritas, Altamirano y Palenque). Esta movilización sorprendió a México y al mundo por su disciplina y masividad, mostrando que el zapatismo seguía vivo y organizado tras casi dos décadas de lucha.