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Su origen se remonta a 1979, cuando comenzó a operar como The Graphics Group.
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En 1995 Pixar produjo Toy Story, el primer largometraje animado por computadora en la historia del cine.
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Después de varios años de colaboración marcados por varias producciones exitosas, Disney adquirió el estudio en 2006.
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Pixar incluyen videojuegos, programas de televisión, software de animación y anuncios comerciales.
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En marzo de 2005 Robert Iger sustituyó a Eisner como presidente de Disney78 y restableció las relaciones con Pixar. Tras analizar la situación financiera de Disney en esos últimos años y consciente de la popularidad alcanzada por las producciones de Pixar.
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Entre 2007 y 2008 Pixar estrenó Ratatouille y WALL·E,14 dirigidos por Bird y Stanton, respectivamente. Esta última película tuvo el mayor presupuesto en la historia de la compañía hasta entonces (180 millones USD).
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También en 2009 Lasseter, Bird, Docter, Stanton y Unkrich recibieron de manos de George Lucas el León de Oro especial a toda una carrera en el Festival Internacional de Cine de Venecia. Durante la premiación, se mostraron las primeras escenas de Toy Story 3 (dirigida por Unkrich) y la reedición de Toy Story 2 en formato 3D.
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En abril de 2010 el estudio fundó Pixar Canada, una subsidiaria con sede en Vancouver y encargada de producir cortometrajes acerca de algunos personajes de Pixar. En sus tres años de existencia, Pixar Canada produjo ocho corto basados en Toy Story y Cars.
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Por primera vez en casi una década, debido al retraso de The Good Dinosaur y Buscando a Dory (secuela de Buscando a Nemo), Pixar no estrenó ningún largometraje en 2014.En noviembre de ese año Jim Morris fue nombrado presidente de Pixar y se anunció la producción de Toy Story 4.
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En 2018 se estrenó el corto Bao, la primera producción de Pixar de este tipo dirigida por una mujer, en este caso por la cineasta Domee Shi. Su trama aborda las vivencias de una madre que sufre el síndrome del nido vacío y obtuvo el Óscar como «Mejor cortometraje animado
