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La Universidad Santo Tomás de Colombia enraíza sus orígenes en el proceso histórico de fundación y construcción de la identidad hipanoamericana y nacional. Nace de la semilla de la primera institución educativa del Nuevo Reino de Granada en 1573.
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La Universidad Santo Tomás, Primer Claustro Universitario de Colombia, fue fundada por la Orden de Predicadores (O. P.) el 13 de junio de 1580. Mediante la bula Romanus Pontifex, el papa Gregorio XIII erigió en el Convento de Nuestra Señora del Rosario (conocido también como Convento de Santo Domingo) de Santa Fe una Universidad de Estudios Generales.
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En 1608 se fundó el Colegio Santo Tomás y posteriormente se fusionó con la Universidad de Estudios Generales. Nació así el Colegio-Universidad Santo Tomás que posteriormente se llamaría Universidad Tomística.
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En 1624, se fusionó este colegio con la Universidad de Estudios Generales. Nació así el Colegio-Universidad Santo Tomás, que promovió sus primeros egresados en 1626.
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Durante casi tres siglos la Universidad constituyó un importante centro educativo donde fue la elite criolla local, especialmente eclesiástica Esto hizo que los colegios mayores establecidos en la capital del Virreinato del Nuevo Reino de Granada, como el Colegio Mayor del Rosario y el Colegio de San Bartolomé, debieran acudir a graduar a sus estudiantes. Entre los graduados destacados están Andrés Rosillo, Camilo Torres, Francisco José de Caldas, Francisco de Paula Santander y Atanasio Girardot
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Más adelante, debido a crisis producidas al interior de la Orden Dominicana y a políticas de reforma en materia educativa promovidas por el nuevo gobierno republicano, el General Francisco de Paula Santander firmó en 1826 el Reglamento de Estudios para Colombia, y la Tomística perdió con ello su calidad de Universidad de la República, quedando imposibilitada para otorgar grados, aunque siguió funcionando como colegio privado.
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Colegio privado Santo Tomás
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La Universidad fue restablecida en 1855, aprovechando la ley de libertad de enseñanza establecida por el gobierno liberal.
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En 1861, bajo el gobierno del dictador Tomás Cipriano de Mosquera, la Universidad Santo Tomás, vio cerradas sus puertas por segunda vez, al quedar está incluida dentro de la ley de supresión de comunidades religiosas y expropiación de bienes eclesiásticos.
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La universidad se encuentra cerrada.
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A mediados de la década de 1940, bajo la iniciativa del entonces provincial de los Dominicos, Fr. Alberto Ariza O.P., se puso en marcha un proyecto para restaurar a largo plazo la Universidad, entre los proyectos hoy se puede apreciar el mural del Maestro Santiago Martínez Delgado.
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En 1965 con las voces de doscientos sesenta y dos (262) alumnos, la Universidad Santo Tomás pudo romper sus cien largos años de silencio -que parecía definitivo- y obtener, poco después, la aprobación canónica. Al año siguiente recibió la aprobación oficial.
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En 1965, inauguró sus Facultades de Economía, Ingeniería Civil y Filosofía.
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En acto solemne, el propio Presidente de la República, Guillermo León Valencia leyó el decreto restaurador. En él se reconocieron los cursos de Ingeniería Civil, Filosofía, Ciencias Jurídicas y Políticas, Economía y Administración así como de Filosofía y Ciencias Sociales.
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En 1971, se inauguró la facultad de Derecho y Contaduría Pública.
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En 1975, el país asistió por primera vez a la apertura de la modalidad de educación a distancia. Se le debe a la Universidad Santo Tomás, que la inició con el programa de Filosofía y Ciencias Religiosas.
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En 1996, se inauguró la seccional de Tunja.
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En 1998 se constituyó la sede de Medellín con los programas de arquitectura e ingeniería en telecomunicaciones.
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En 2007, se inauguró la seccional de Villavicencio con las facultades de Administración de Empresas Agropecuarias, Comercio Exterior y Derecho, con 160 estudiantes provenientes de todas las regiones del Meta y departamentos aledaños; en el primer periodo del 2008 inicia labores la facultad de Contaduría Pública en su jornada diurna.
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En 2016 se convierte en la primera Universidad Privada con presencia nacional en obtener la Acreditación Institucional de Alta Calidad bajo la modalidad Multicampus* Res Min. Edu. 01456 del 29 de enero de 2016, una buena noticia para toda la comunidad Tomasina, qué en sus 438 años continúan escribiendo la historia de Colombia.
