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Francisco Marroquín remitió al rey de España, Carlos II, donde solicitaba la fundación de una universidad.
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El rey Carlos II de España promulga la real cedula de fundación de la universidad en Guatemala.
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La universidad abrió sus puertas albergando a 60 estudiantes, sus instalaciones estaban divididas en tres colegios prestigioso, comenzó impartiendo 7 cátedras, teología escolástica y moral, canon, leyes, medicina y 12 lenguas .
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Luchan por la libertad de catedra y lectura de doctrina filosófica para tener discusión de ideas, se hicieron reformas a las carreras impartidas, luego sucedió un fuerte terremoto.
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Debido al terremoto, tuvieron que trasladar la universidad a la nueva Guatemala de la asunción.
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La universidad fue impulsora mediante sus estudiantes de la independencia, Jose Cecilio del valle se le atribuye la redacción de dicha acta.
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Durante el gobierno liberal de Mariano Gálvez fue eliminada la universidad estableciéndose como academia de estudios como educación laica. se impulso la declaración de los derechos humanos
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Derrocan a Mariano Gálvez y tras el mando de Mariano rivera paz como jefe de estado y se restituye el poder de la iglesia católica para impartir cátedras y se devuelve el nombre de universidad
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En el gobierno de Rafael carrera, se llamo Real y Pontificia Universidad de San Carlos Borromeo aprobada por la Santa Sede y dirigida por las órdenes regulares de la Iglesia católica.
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La universidad logra la autonomía de sus facultades y se funda la asociación de estudiantes AEU
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Nace el emblema de las huelgas la chabela pintado por el estudiante Hernán Matinés
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Se escucha por primera vez el himno de guerra de los universitarios san carlistas, compuesto por los estudiantes Alfredo valle calvo, Jose Luis, David vela y miguel ángel Asturias.
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Retoma el nombre Universidad San Carlos de Guatemala
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Quedan prohibidas las huelgas y todas las actividades, fueron suprimidos por al rededor de 14 años
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El doctor Carlos Martínez es el primer rector fue el que inicio comprando los terrenos donde esta construido el campus central y se crearon nuevas facultades, agronomía, arquitectura, veterinaria, medicina.
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Tras la inconformidad comienzan las manifestaciones y fuerzas del régimen de ubico dieron muerte a la maestra María Chinchilla, y por este suceso derrocan al presidente.
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Se reactiva la huelga de dolores por completo, el gobierno de Manuel Estrada cabrera la universidad tuvo que cambiar de nombre a Universidad Estrada cabrera.
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Guatemala cae en manos militares con Eugenio Laugerud, luego asesinan a Mario López y como homenaje pintaron su rosto en la biblioteca central de la universidad.
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Ese año asesinan al secretario de la AEU Oliverio Castañeda, fue una mala época para los universitarios y años después asesinaron a el licenciado Leonel carrillo ríos.
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Es violada por segunda vez la autonomía de la Universidad, estudiantes y catedráticos fallecidos.
