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Esto ocurre bajo la influencia de los republicanos y su interés por crear una educación centralizada, moderna y laica, buscando dejar atrás la educación colonial. Sin embargo, el proyecto no logró llevarse a cabo debido a las guerras civiles, la falta de recursos y la disolución de la Gran Colombia en 1830.
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Durante 1842 culminaba la guerra de los supremos (primera guerra civil de Colombia que da paso a la creación de los partidos políticos tradicionales) la consecuencia de esto dio con el cierre de escuelas y colegios, afectando seriamente la educación. Así mismo, el estado conservador y la iglesia ejercían un poder ideológico sobre la educación. Implementando y dándole más relevancia a las ciencias útiles y relegando los saberes tradicionales y las ideologías liberales. -
Mediante la creación de la universidad nacional se busca unificar las ciencias útiles debido a que, los estados tenían una amplia autonomía educativa. Sin embargo, esta descentralización había fragmentado el sistema en donde cada región tenía sus propios colegios y normas, sin una dirección nacional. La institución universitaria era de carácter público con orientación liberal a diferencia de todas las universidades privadas regidas por lineamientos conservadores y religiosos. -
El principal acontecimiento que marco esta época fue la guerra de los mil días, la cual ya venía siendo anunciada debido a causas económicas, política e ideológicas. Esto llevo a una crisis académica, ya que muchos colegios y universidades cerraron o funcionaban de forma irregular, lo que llevo a un estancamiento intelectual y afecto el desarrollo del país.
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Después de la guerra de los mil días, Colombia buscando estabilizarse y modernizarse decide refundar la universidad nacional con el propósito de convertirla en el centro intelectual y científico del país, acorde con las nuevas necesidades del siglo XX.