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En 1821, con el logro de la Independencia, se mantiene la estructura básica con cuatro ministerios; empero, para 1835 con la creación del quinto ministerio el Ministerio de Relaciones Interiores, inicia el proceso de diversificación del sistema administrativo en materia de estructura y funciones.
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Para 1861, con la separación entre el Estado y la Iglesia, comienza la institucionalización del gobierno, obteniendo competencias, por ejemplo, en materia educativa, servicios de correos y telégrafos, y la construcción de obras públicas, entre otros.
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Una gran contribución fue la creación de la Secretaría de Comunicaciones y Obras Públicas, en 1891. En este periodo, la Administración Pública adquiere un carácter típicamente capitalista pues el Estado pretende el papel de actor principal de la sociedad y lo refleja en la Ley de Desarrollo
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Con la promulgación de la Constitución de 1917 será necesario la reforma administrativa para alcanzar los ideales revolucionarios; con ello, se promueve la Ley de Secretarías que configura los órganos centrales en secretarías y departamentos administrativos, que …sienta las bases de la organización centralizada de gobierno y hace de la ley y la justicia medios fundamentales para encauzar los conflictos librados
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Para sistematizar el apoyo a diferentes secretarías y realizar estudios para mejorar la Administración Pública fue creado el Departamento de Contraloría (1918-1932). También, a partir de los años veinte se integraron las entidades paraestatales de forma más activa en sus diferentes formas: organismos descentralizados, empresa paraestatal o fideicomisos públicos. Otra secretaría con gran auge en este periodo fue la Secretaría de Educación Pública, creada en 1921.
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Para 1928 la Secretaría de Hacienda es asignada como unidad autónoma para la elaboración del Presupuesto de la Federación, incluyendo “estudios sobre la organización administrativa, coordinar actividades y sistemas de trabajo para lograr eficiencia en los servicios públicos”
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En este periodo, la estructural de la administración centralizada fue reorganizada hasta tres veces, y con las Leyes de Secretarías de Estado y Departamentos Administrativos se delega a los titulares de las dependencias centrales del sector público realizar modificaciones internas en sus respectivas instituciones; en algunos casos, las dependencias decidieron crear “comisiones de eficiencia”, para aprovechar sus recursos.
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Con Adolfo López Mateos, en materia de Administración Pública, se reformó la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado (1958), en la cual se introduce la Secretaría de la Presidencia para formular los objetivos y procedimientos de la planeación económica y social del país. Para siguientes gobiernos, ésta fue la base de la programación-planeación; esta reforma administrativa trataba de agilizar, hacer eficaz y modernizar el aparato administrativo.
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Con el gobierno de José López Portillo, en medio de la crisis económica y social, propone tres vías de acción: la alianza para la producción, la reforma política y la reforma administrativa. Esta última deroga la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado (1958) y decreta la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal, la cual, contiene el primer intento sobre la regulación en materia de organización y funcionamiento de la Administración Pública Federal.
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La CAP se concentra en dictaminar la más adecuada estructura de la Administración Pública y sus posibles modificaciones; también, propone reformas a la legislación y las medidas de administración que procedan. En este primer diagnóstico, determina problemas en al menos cinco puntos: la distribución de tareas, los sistemas y procedimientos, la administración de recursos financieros, la coordinación administrativa y la estructura y funciones del Estado
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Por su parte, la DGEA estuvo a cargo de la coordinación global de los trabajos de reforma administrativa y publicó las Bases para el Programa de Reforma Administrativa del Poder Ejecutivo Federal 1971-1976, integrado por once programas, proporcionando la referencia para las reformas en materia de programación, gasto público, recursos materiales, recursos humanos, entre otros.
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Con estos y otros fundamentos jurídicos se publicó el Plan Nacional de Desarrollo 1983-1988 y para apoyar y auxiliar las medidas de modernización administrativas establecidas, se implementaron acciones de reorganización de las secretarías de estado; la reforma municipal; el Sistema Civil de Carrera; el Sistema de Coordinación del Secretariado Técnico de los Gabinetes; la simplificación administrativa; y la participación social.
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Para 1996, se decretó el Programa de Administración Pública (1995-2000) que contiene dos grandes objetivos: a) transformar la Administración Pública en una organización eficaz, eficiente y con cultura de servicio; b) combatir la corrupción y la impunidad. Las acciones de modernización implementadas durante este periodo permitieron sentar las bases de nuevos valores y conductas de la administración moderna en las instituciones públicas.
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En este periodo, el papel de la sociedad civil en relación a la participación de la planeación nacional recobra importancia. Ya no sólo se requiere dar un mejor servicio, ahora la transparencia de los servicios públicos se integra en las reformas administrativas.
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Para el 2009, entre la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, la Secretaría de Gobernación y la Secretaría de la Función Pública, determinaron una estrategia para reforzar el marco normativo interno de cada institución y, al mismo tiempo, homologar los procesos y la eficiencia de la Administración Pública Federal, por lo que se elaboraron los llamados Manuales Administrativos de Aplicación General.