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La Universidad, fundada en el año 1977 como Escuela
Colombiana de Carreras Intermedias, inauguró la biblioteca en el año 1980 con una
donación voluntaria de 115 libros para cubrir las necesidades de un número de 80
estudiantes que se encontraban vinculados a esta entidad. -
El Ministerio emitió la Resolución N° 15572 del 25 de octubre de 1978, otorgando licencia para operar bajo el nombre de Escuela Colombiana de Carreras Intermedias.
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El 28 de marzo de 1985, mediante Resolución No. 2683, la personalidad jurídica de la universidad fue reconocida por las autoridades competentes.
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Durante el primer semestre de 2001 se reestructuró y modernizó la biblioteca, creando un centro de información y documentación, incluyendo las nuevas tecnologías de la información para promover y facilitar la investigación en la comunidad universitaria, este centro recibió el nombre de Centro de Información y Documentación Wolmar Casadiego.
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El Centro de Investigación e Innovación en Tecnología y Ciencia, CEINTECCI, es un centro de investigaciones adscrito a la Universidad ECCI. Su creación, a finales de 2015, hace parte de la estrategia institucional para el fortalecimiento de las investigaciones interdisciplinarias que generan nuevo conocimiento y desarrollo tecnológico con un enfoque social.
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El Ministerio de Ciencias, Tecnología e Innovación otorga a la universidad ECCI el reconocimiento de su Centro de Investigación e Innovación en Tecnología y Ciencia (CEINTECCI).
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Puerto Asís y ECCI firman convenio de cooperación académica en beneficio de estudiantes de este municipio. Actualmente la Universidad ECCI es reconocida a nivel nacional por su calidad y sus diversidad de programas como los pueden ser: Pregrados, Posgrados y Educación Continuada.