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La iniciativa surgió por Fray Felipe De Galindo y Chávez.
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Carlos III ordena al nuevo obispo Don Diego Rodríguez Rivas que informe de la utilidad y posibilidad de fundar la universidad, pero al parecer los informes nunca se formularon.
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En 1767 con la expulsión de los jesuitas del colegio de Santo Tomas y el seminario de San Juan, consideraron que había mayores motivos para fundar la universidad y así se da origen a la cedula real el 3 de noviembre de 1774
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El rey Carlos IV creo por cedula expedida en San Lorenzo Del Escorial el 18 de Noviembre de 1791, La Real Universidad De Guadalajara, pero esta se recibió hasta el 26 de marzo del año siguiente. Siendo inaugurada finalmente el 03 de noviembre de 1792.
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La universidad experimenta diversos cierres y reaperturas, y también cambios de nombres.
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A partir del triunfo de la Revolución de 1910 en Jalisco, el gobernador Manuel Macario Diéguez funda el la Escuela Preparatoria De Jalisco que sustituye al histórico liceo de varones.
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Se aprobó por el Congreso del Estado de Jalisco y fue una Iniciativa presentada por el diputado y también director de la preparatoria de Jalisco, Mtro. Enrique Diaz de León.
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José Guadalupe Zuno presidio la ceremonia y nombro rector a Enrique Diaz de León.
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Asistieron maestros, alumnos, padres de familia y autoridades. Apadrinada por distintas universidades de diferentes paises
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El gobernador Sebastian Allende clausura la Universidad De Guadalajara y el 26 de febrero de 1935 establece la dirección de estudios superiores del estado de Jalisco.
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La universidad asumió el socialismo como etiología oficial, y tuvo diversos rectores.
Además se fundo en 1947 el Instituto Tecnológico, en 1948 la Escuela de Arquitectura, en 1949 la Facultad de Bellas Artes y en 1951 la Escuela Vocacional. -
Se funda en 1957 la Facultad de Filosofía y Letras, en 1961 en Instituto de Ciencias Sociales y Humanidades, en 1962 la Facultad de Medicina y Derecho, en 1964 la Escuela de Medicina Veterinaria.
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Se aprueba la reforma del bachillerato unitario en 1974 e inicia trasmisiones de la radio la Universidad de Guadalajara.
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Raúl Padilla López rector de la Universidad, presenta la "Red Universitaria en Jalisco" como modelo básico de la organización.
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El logro mas importante fue la creación de la red universitaria.
Actualmente cuenta con 14 centros Universitarios, 6 centros temáticos y 8 regionales.