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Nel 1172, la cerchia matildina, viene sostituita dalla prima cerchia comunale. Fu costruita al fine di inglobare anche i borghi piu cospicui e proteggerli dal tumulto legato alle guerre di Federico Barbarossa. In queste zone trovavano rifugio le persone arrivate dalla campagna.
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Il Comune iniziò un periodo di pace, durante il quale la situazione economica della città continuò a crescere. Nel 1182 i commercianti incominciarono ad organizzarsi in associazioni corporative (dei Mercanti di Arte). Intorno alla fine del secolo Firenze era diventata un centro economico internazionale.
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Nel 1200 il Governo era costituito dai Consoli, con l'aiuto dei Consigli cittadini. Coloro che detenevano il potere erano scelti nei ceti elevati: causa di questo fu la nascita di rivalità fra le famiglie più ricche.
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L'inizio delle contese tra guelfi e ghibellini vengono fatte risalire a quando Federico II decise di inviare il proprio figlio a Firenze per appoggiare il partito ghibellino.
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Durente il dominio guelfo, dal punto di vista politico, le istituzioni ricalcarono la situazione creata dai ghibellini con un doppio sistema: da una parte il comune col podestà e due consigli; dall'altra il Popolo con un capitano, affiancato da altri due consigli.
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I ghibellini vennero definitivamente cacciati dalla cità di Firenze dopo la sconfitta avvenuta nella battaglia di Campaldino. Si auspicava un periodo di pace, ma le rivalità si riaccesero con la divisione tra guelfi bianchi e neri.
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I guelfi bianchi e i guelfi neri furono le due fazioni che si divisero intorno alla fine del XIII secolo. I guelfi bianchi erano composti da un gruppo di famiglie magnatizie aperte alle forze popolari, perseguivano l'indipendenza politica e volevano una maggiore autonomia nei confronti del pontefice. I guelfi neri rappresentavano soprattutto gli interessi delle famiglie più ricche ed erano strettamente legati al papa per motivi economici.
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Il primo Trecento segnò nuovi record per l'economia, l'arte e la cultura fiorentina. L'economia era trainata dalle imprese bancarie e dalle industrie manifatturiere, soprattutto laniere. Tutte queste attività si sostenevano a vicenda generando un circolo virtuoso che macinava straordinarie ricchezze, che toccavano però solamente i ceti più alti.
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Dopo circa un secolo la cinta difensiva non fu più sufficiente a racchiudere la nuova città, ormai un mercato economico di rilievo internazionale. A partire dal 1282 (o 1284) si iniziò quindi a progettare la costruzione di una nuova cinta muraria, di grande estensione, secondo un progetto tradizionalmente attribuito ad Arnolfo di Cambio.Il completamento definitivo della cinta muraria si ebbe nel 1333, con interruzioni dovute alle guerre e ad altre motivazioni.
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L'epidemia della peste nera del 1348 colpì tutta l'Europa, dando il colpo di grazia ad un'economia che stava già subendo un generale ristagno. La scarsità di manodopera portò alla paralisi delle attività economiche, comprese quelle agricole, che aggravarono la situazione con annate di grave carestia. Furono inoltre danneggianti, le frequenti guerre e le razzie delle Compagnie di Ventura.