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México participó por primera vez en una evaluación estandarizada internacional del desempeño lingüístico y matemático de los estudiantes en educación básica (TIMSS 1995), donde el sistema educativo nacional quedó entre los últimos lugares.
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Un parteaguas en la historia de la evaluación en México fue sin duda alguna la ambiciosa evaluación de impacto del Programa de Educación, Salud y Alimentación, PROGRESA (1997-2000), hoy Oportunidades, que se ha extendido y mantenido hasta la fecha. Esta evaluación fue contemplada en el diseño original del programa (con un diseño experimental hasta 2000), y ha sido implementada por instituciones y equipos de investigadores expertos e independientes, nacionales e internacionales.
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Miguel Limón, explicó en una carta pública sorprendente que tomó la decisión de censurar la evaluación comparativa pionera no para esconder los resultados catastróficos del sistema educativo bajo su responsabilidad, como alguien menos sofisticado podría suponer, sino precisamente para fortalecer la cultura de evaluación.
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En 2001 se incorporó una reforma a la Ley de Ingresos (Art. 25) y al Decreto de Presupuesto de Egresos de la Federación que obliga al Poder Ejecutivo Federal a través de la SHCP a presentar un estudio sobre la distribución de impuestos y beneficios del gasto público en su conjunto al Congreso de la Unión para informar sobre el ejercicio de la aprobación presupuestaria
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La tercera fase en la consolidación de la evaluación de las políticas públicas en México ha sido la creación de dos importantes instituciones técnicas de evaluación independientes de las dependencias responsables de aplicar los programas: el Instituto Nacional para la Evaluación de la Educación (INEE) en 2002, y el Consejo Nacional de Evaluación de la Política de Desarrollo Social (CONEVAL) en 2005.
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La misma SEP, en la presente administración, ha adoptado una posición de mayor apertura y transparencia, al implementar a partir de 2006 una evaluación censal, la Evaluación Nacional de Logro Académico en Centros Escolares (ENLACE), haciendo disponibles los resultados a nivel de escuela y aun alumno.
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Se crean lineamientos generales para Evaluación de los Programas Federales (CONEVAL, SHCP, SFP).
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Se realiza la Reforma Constitucional Generaliza PBR a Gobiernos Locales.