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Haruki Shiga se morfond et déprime à cause du décès de Sakura Yamauchi. Il reste cloîtré dans sa chambre et ne vient pas à ses obsèques.
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Suite à une visite à l'hôpital, Haruki va lire le journal intime de Sakura sans savoir à qui il appartenait. Il y découvre qu'elle est atteinte d'une maladie mortelle et c'est la qu'il vont se rencontrer. Haruki ne seras pas plus surprit par sa découverte et Sakura voudra absolument passer ses derniers moments auprès de lui.
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Après leurs rencontre, Sakura fait tout pour que Haruki l'aident à exécuter ce qu'elle souhaite faire avant que la maladie ne l'emporte. Haruki accepte et passe de nombreux moments avec elle et commence à développer des sentiments pour elle.
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Après s'être donner rendez-vous dans un café, Haruki attend Sakura pendant de longue heures mais finalement elle ne sera jamais venu. À son arriver au café, Haruki qui discutait déjà par msg avec elle, lui avait envoyé un dernier sms disant "Je veux manger ton pancreas" synonyme de l'amour qu'il ressent pour elle. En rentrant chez lui, il apprend par le biais de la télévision que Sakura est morte.
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Retranscription de l'incipit
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Lorsqu'Haruki eu fini de lire le roman que Sakura lui avait prété avant son décès, il décida d'aller chez elle le ramener pour pouvoir par la même occasion prier pour son repos. Il demanda également à la mère de Sakura pour lire "Vivre avec la maladie"; le journal intime de Sakura.
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À la fin du journal intime de Sakura se trouve des lettres destinés à plusieurs personnes dont notamment Haruki et la meilleur amie de Sakura qui n'apprécie guère Haruki. Une fois qu'Haruki eu livrer son message à Kyouko, il lui dit qu'il aimerait devenir son ami car c'est ainsi que Sakura serait heureuse.
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1 an plus tard, Haruki à beaucoup évolué socialement grâce à sa rencontre avec Sakura. Avec Kyokko, ils rendent visite à leur amie défunte avant de passer dîner chez cette dernière avec sa mère.