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La Compagnia di Gesù è un ordine religioso che si occupa di far progredire gli uomini nella fede, dare testimonianza di povertà e dare esempio di obbedienza alla Santa Sede
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Paolo III istituisce la Congregazione del Sant'Uffizio, la quale deve provvedere a coordinare le attività di tutte le Inquisizioni locali, in modo da preservare la dottrina romana.
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Paolo III Farnese convoca il Concilio di Trento per riorganizzare la struttura ecclesiale, recuperare la tradizione della Chiesa, reprimere le eresie e i reati contro la fede e istituire dei nuovi ordini religiosi.
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La bolla Cum nimis absudurm impedisce agli ebrei di abitare con le altre comunità cittadine e impone loro di indossare degli abiti di riconoscimento.
Inoltre vengono chiusi o demoliti i luoghi di culto, vietato il lavoro durante le feste cattoliche e ai medici impedito di curare i cristiani. -
Pio IV autorizza lo sterminio della comunità valdese che si era stabilita in Calabria e combatte la diffusione del calvinismo in Francia.
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Carlo Borromeo diventa vescovo e cerca di ricostruire la vita religiosa della sua arcidiocesi, ponendo in atto tutte le disposizioni tridentine.
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Successivamente al Concilio di Trento, i due libri , insieme alla Professio Fidei tridentina del 1654, riportano i nuovi canoni sui punti fondamentali della dottrina e le nuove disposizioni per quanto riguarda la vita religiosa.
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Il suo testo viene sottoposto a molti esami, purtroppo falliti, soprattutto a causa delle pulsioni erotiche, dei travagli interiori,delle presenze diaboliche e della magia presenti nel libro.
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Viene pubblicato un indice di libri che ai cristiani è proibito leggere e possedere. In esso rientrano tutti i libri in cui viene esplicitato il dissenso per la dottrina romana, quelli contenenti idee immorali o pericolose, le traduzioni delle Sacre Scritture e i libri di magia e astrologia.
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Sisto V impone il voto di clausura alle religiose, ma non riesce a intervenire sui criteri del loro reclutamento.
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La bolla Coeli et terrae creator condanna la magia
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Giovanni Botero ritiene che lo Stato debba adeguarsi alla morale della Chiesa e espone ai sovrani la necessità di reprimere tutti i comportamenti inadeguati e tutto ciò che sia lontano dalle liturgie ufficiali. Tuttavia il trattato diventa ben presto una scusa per i sovrani di legittimare le proprie decisioni e rafforzare il proprio potere.
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Una versione modificata del poema precedente, con un particolare riferimento ai modelli antichi.
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La Repubblica di Venezia arresta alcuni ecclesiastici accusati di delitti comuni, sottraendoli ai tribunali papali e entrando così in conflitto con il papato.
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Paolo Sarpi, teologo, si oppone al centralismo monarchico del pontefice e pubblica la ricostruzione dei fatti avvenuti nel mondo cattolico nella seconda metà del XVI, guadagnandosi l'antipatia dell'inquisizione che cataloga il libro tra i libri proibiti.