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Es ésta, el Primer Claustro Universitario de Colombia, fue fundada por la Orden de Predicadores, siendo la institución de educación superior más antigua del país.
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Gaspar Núñez de Figueroa, en su testamento, promovió la fundación del Colegio Santo Tomás de Aquino- Bogotá.
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El colegio Santo Tomás se fusiona con la Universidad de Estudios Generales. Nació así el Colegio-Universidad Santo Tomás, que posteriormente se llamaría Universidad Tomística.
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Durante casi tres siglos esta Universidad constituyó una fuente inagotable de pensamiento y cultura que formó a numerosas generaciones de neogranadinos. Uno de sus fundadores, Álvaro Cueto, profesor de Introducción a la economía, otorgó los primeros grados. Entre los graduados destacados se encuentran los nombres de Andrés Rosillo, Camilo Torres. Francisco José de Caldas, Atanasio Girardot (graduados en Cánones), Francisco de Paula Santander (en Filosofía y Leyes).
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La Universidad Santo Tomás tuvo que afrontar un duro pleito con las autoridades gubernamentales que intentaban crear una universidad pública a costa de la supresión de la Tomística.
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Debido a crisis producidas al interior de la Orden Dominicana y a políticas de reforma en materia educativa promovidas por el nuevo gobierno republicano, el General Francisco de Paula Santander firmó en 1826 el Reglamento de Estudios para Colombia, y la Tomística perdió con ello su calidad de Universidad de la República, quedando imposibilitada para otorgar grados, aunque siguió funcionando como colegio privado.
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La Universidad fue restablecida en 1855, aprovechando la ley de libertad de enseñanza establecida por el gobierno liberal.
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Bajo el gobierno del dictador Tomás Cipriano de Mosquera, la Universidad Santo Tomás, vio cerradas sus puertas por segunda vez, al quedar está incluida dentro de la ley de supresión de comunidades religiosas.
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Finalmente, con las voces de doscientos sesenta y dos (262) alumnos, la Universidad Santo Tomás pudo romper sus cien largos años de silencio, que parecía definitivo, y obtener, poco después, la aprobación canónica. Fue restaurada en Santafé de Bogotá por la Provincia de San Luis BERTRÁN de Colombia, de la Orden de Predicadores, con el nombre de Universidad Santo Tomás de Colombia, con personería jurídica mediante la Resolución n.º 3645 del 6 de agosto de 1965.
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El Presidente de la República, Guillermo León Valencia leyó el decreto restaurador. En él se reconocieron los cursos de Ingeniería Civil, Filosofía, Ciencias Jurídicas y Políticas, Economía y Administración así como de Filosofía y Ciencias Sociales.
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Con el ánimo de expandir la misión institucional de formar profesionales éticos y creativos, la Universidad Santo Tomás, creó la Seccional de Bucaramanga, que cuenta con un alto reconocimiento en la región nororiental del país.
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La Universidad Santo Tomás fue una de las pioneras en ofrecer programas con la modalidad de educación a distancia, con la cual se han formado un alto número de profesionales de diferentes regiones del país
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Se instauró en la capital boyacense el 3 de marzo de 1996, dado que en Boyacá la comunidad dominicana ha mantenido una brillante tradición educativa y cultural.
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Constituyó la sede de Medellín con los programas de arquitectura e ingeniería en telecomunicaciones.
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Se inauguró la seccional de Villavicencio con las facultades de Administración de Empresas Agropecuarias, Comercio Exterior y Derecho, con 160 estudiantes provenientes de todas las regiones del Meta y departamentos aledaños; en el primer periodo del 2008 inicia labores la facultad de Contaduría Pública en su jornada diurna.
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se convierte en la primera Universidad Privada con presencia nacional en obtener la Acreditación Institucional de Alta Calidad bajo la modalidad Multicampus* Res Min. Edu. 01456 del 29 de enero de 2016, una buena noticia para toda la comunidad Tomasina, qué en sus 436 años continúan escribiendo la historia de Colombia.
