-
Fou el primer en articular una dicotomia de la vida, classificant tota la vida en dos regnes: plantes i animals. -
La història del microscopi comença amb la invenció del microscopi compost, és a dir, amb la idea de combinar més d'una lent per a observar objectes de forma augmentada. D'acord amb aquesta definició, la història del microscopi començaria a finals del segle XVI, possiblement amb el disseny de Zacharias Janssen. -
Desenvolupà la nomenclatura binòmica per a classificar i organitzar els animals i plantes. També l'utilitzà per a nombrar plantes específiques, seleccionant un nom per al gènere i un altre per a l'espècie. -
Estudià la vegetació del territori en el qual vivia, a Nova York. Va descriure i dibuixar a prop de 350 plantes locals i era una experta en identificar i classificar les espècies vegetals indígenes de la seva ciutat i afores. -
Arran de l'aparició del microscopi, Haeckel proposa un tercer regne, els protists, que inclouen els microorganismes. Postulà un origen comú per a tota la vida (animals, plantes i microbis). -
Separa els protistes nucleats de les bactèries anucleades amb el sistema de quatre regnes següents: Plantae (vegetal), Animalia (animal), Protoctista (Protista), i Mychota (Monera). -
Proposa un sistema de classificació basat en cinc regnes: Monera (procariotes), Protista (principalment protozous i algues),Plantae (plantes), Animalia (animals) i Fungi (llevats, fongs i mohos). -
El sistema de Whittaker fou àmpliament acceptat fins la dècada del 1970, quan el conegut com el creador de la nova taxonomia molecular, Carl Woese, descubrí que els procarionts encaixaven en dos grups diferents en funció de la seva estructura, composició i genètica molecular. Així, reorganitzà aquest grup d'organismes en dos taxons diferents: Archea i Bacteria. -
Va incloure els arqueobacteris en el regne dels Procariotes juntament amb els bacteris. A més, juntament amb K. Schwartz, proposen substituir el nom de protists per protoctists.