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Mohamed Atta e ʿAbd al-ʿAziz al-ʿUmari lasciano l'albergo "Comfort Inn" di South Portland (Maine) e si dirigono, a bordo di una Nissan Altima blu, all'Aeroporto Internazionale di Portland.
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Atta ed Al-Omari partono con il volo Colgan Air 5930 alla volta di Boston
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I due dirottatori arrivano all'aeroporto Internazionale Generale Edward Lawrence Logan di Boston.
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Marwan al-Shehhi, un altro dei dirottatori, pilota del volo United Airlines 175, telefona ad Atta per confermare l'inizio delle operazioni.
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Atta, al-ʿOmari, Satam al-Suqami, Walid al-Shihri e Wa'il al-Shihri si imbarcano sul volo American Airlines 11. Al momento dei controlli, al-Suqami e i due fratelli al-Shehri vengono selezionati per un controllo più accurato.Nel frattempo, presso un altro terminale dello stesso aeroporto, al-Shehhi, Fayez Banihammad, Mohand al-Shihri, Hamza al-Ghamdi e Ahmed al-Ghamdi si imbarcano sul volo United Airlines 175. Nessuno di loro viene selezionato per controlli di sicurezza supplementari.
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Hani Hanjour, Khalid al-Mihdhar, Majed Moqed, Nawaf al-Hazmi e Salem al-Hazmi iniziano le procedure per l'imbarco sul volo American Airlines 77. I primi ad arrivare sono al-Midhar e Moqed, gli altri giungono circa venti minuti dopo. Al momento dei controlli, Hanjour, al-Mihdhar e Moqed vengono selezionati per un controllo più accurato del loro bagaglio a mano, superato senza problemi.
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07:30: Ziyad Jarrah, Ahmed al-Nami, Sa'id al-Ghamdi e Ahmed al-Haznawi si imbarcano sul Volo United Airlines 93. Al-Haznawi viene selezionato per un controllo più accurato del bagaglio a mano, superato senza problemi.
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Il volo AA11, un Boeing 767, parte con un ritardo di 14 minuti dall'aeroporto Internazionale Generale Edward Lawrence Logan alla volta di Los Angeles. A bordo ci sono 81 passeggeri (compresi i 5 dirottatori) e 11 membri dell'equipaggio.
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Il volo AA11 non risponde più ai comandi del Centro FAA di Boston. I dirottatori entrano in azione probabilmente in quel momento. Intorno a quest'ora può essere fatta risalire la morte di Daniel Lewin, ex-capitano del Sayeret Matkal
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Il volo UA175, un altro Boeing 767, parte dall'aeroporto di Boston anch'esso alla volta di Los Angeles. A bordo ci sono 56 passeggeri (compresi i 5 dirottatori) e 9 membri dell'equipaggio.
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Betty Ong, un'assistente del volo AA11, contatta la American Airlines per avvertire la compagnia dell'avvenuto dirottamento. La Ong afferma che sono stati accoltellati un passeggero di business class (Daniel Lewin) e due assistenti di volo (Karen Martin e Barbara Arestegui) e fornisce le prime indicazioni sui posti occupati dai dirottatori (che permettono una identificazione sommaria dei soggetti).
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Il transponder del volo AA11 viene spento. L'aereo sparisce dai monitor dei controllori di volo
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Il volo American Airlines 11 si schianta alla velocità di circa 490 miglia orarie fra il 93º e il 99º piano della Torre Nord del World Trade Center. Il velivolo entra quasi completamente intatto all'interno della Torre, raggiungendone il centro e tagliando letteralmente in due i sostegni in gesso. Una terribile onda d'urto scuote la Torre, mentre scoppia un violento incendio alimentato dal carburante che fuoriesce dal serbatoio dell'aereo.
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Il servizio di sicurezza della Torre Nord ordina la completa evacuazione del grattacielo.
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Il volo United Airlines 175 si schianta ad una velocità di circa 590 miglia orarie fra il 78º e l'84º piano della Torre Sud . Frammenti dell'aereo fuoriescono dai lati est e nord dell'edificio e atterrano fino a sei isolati di distanza. Inizia una evacuazione di massa dei piani sottostanti la zona di impatto. Una delle scale resta intatta nonostante l'impatto, ma è inagibile per il troppo fumo. Molte persone salgono verso il tetto, nella vana speranza di essere salvati per via aerea.