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Se crea la universidad Santo Tomas en Santafé de Bogotá bajo la direccion de la comunidad de Santo Domingo.
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Este periodo se caracteriza en dos etapas diferentes. la inicial se denomina como de formacion 1580-1768. la primera fecha indica los inicios de los estudios superiores en la república de Colombia. finalizamos en 1768 con la expulsion de los Jesuitas.
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Se crea la Universidad Javeriana la crearon los Jesuitas.
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Los Agustinos calzados fundaron la Universidad San Nicolas de Mira.
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Los Franciscanos fundaron la Universidad San Buenaventura.
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Este periodo se caracteriza por continuar con el modelo borbonico de control de la Universidad por parte del estado.
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Este periodo se caracteriza por las luchas partidistas que dieron grandes en la Universidad sometiendose la misma a cada gobierno de turno; el control del estado y la dirección por parte del sector civil sobre la universidad; el bajo presupuesto, los debates de la moral laica opuesta al control de la iglesia.
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Nuevamente el cambio político da un cambio a la Universidad y se crea la Universidad nacional de los estados unidos de Colombia el 22 de septiembre de 1867 con el criterio de ofrecer educación gratuita.
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Tras la guerra de los mil dias la Universidad Nacional cierra sus puertas y se reabre en 1903.
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Colombia hacia 1920 requeria entrar en la modernidad en todos los ambitos económico y educativo.
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El 10 de diciembre de 1934 se presentó al Congreso un proyecto de ley para que las mujeres pudieran ingresar a la Universidad en igualdad de condiciones que los hombres. Suscitó una gran controversia como todo lo que tenía que ver con los derechos de las mujeres.
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En 1957 se creo la asosiacion Colombiana de Universidades y en 1958, mediante el decreto 136 del 30 de abril , se definio la Universidad como "una entidad autonoma, con personeria jurídica, esencialmente apolítica".
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La ley 65 , volvio a definir a la Universidad como "establecimiento público, de carácter docente, autónomo y descentralizado, con personeria jurídica, gobierno, patrimonio y rentas propias".
