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Fray Cristobal de Torres funda el Colegio mayor de Nuestra Señora del Rosario, una institución laica cuyo fin era formar a lo miembros de la nobleza secular.
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José Celestino Mutis funda la cátedra de matemáticas, convirtiéndola en la primera del país, en esta imparte los ideales de Newton y Copérnico trayendo el movimiento de la Ilustración al país.
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Durante el Siglo XIX el país y por tanto la Universidad del Rosario sufrieron una serie procesos muy importantes para la instauración de la República. En estos se puede evidenciar la relación que tiene el Gobierno con la Universidad y el ejemplo más claro es todos los personajes influyentes que salieron de la Universidad y todas las veces que esta fue convertida en cárcel o en cuartel militar debido a la situación por la que esté pasando en país.
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José Celestino Mutis y Miguel de Isla impulsan la re apertura de la cátedra de medicina en respuesta a los problemas de salud que aquejaban al virreinato y la influencia de la Ilustración.
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Los rosaristas se convierten en protagonistas del nacimiento de la República y varios de ellos aparecen como firmantes en el Acta de Indepedencia.
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El español Pablo Morillo es enviado con 12.000 hombres a reconquistar Nueva Granada, durante este proceso convierte el claustro en un cuartel militar y acaba con la vida de varios próceres rosaristas.
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Empieza a regir la Constitución Política de la Nueva Granada de 1853, esta impulsa la libertad de religion y la separación entre Iglesia y Estado.
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Dedido a la revolución dirigida por el general Tomás Cipriano de Mosquera y bajo el gobierno de Mariano Ospina Rodríguez el claustro es convertido en una cárcel.
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El general Tomás Cipriano de Mosquera convierte el claustro en un colegio militar en el que se imparten lecciones de ingeniería, artillería, caballería e infantería.
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Por órdenes del Gobierno Nacional la Universidad del Rosario es incorporada a la Universidad Nacional lo que hace que pierda toda su autonomía como institución.
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Una vez más, por orden del Gobierno Nacional el claustro se convierte en un cuartel del Ejército.
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Tras la guerra, el pintor Luis A Acuña reconstruye por completo el claustro de la Universidad.
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Los rosaristas participan del movimiento de la séptima papeleta .