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La institución adopta el modelo de la Universidad de Salamanca e inicia con las cátedras de Medicina, Derecho, Teología y Filosofía.
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Como consecuencia de las pugnas entre gobiernos conservadores y liberales que se suscitaron después de la guerra de Independencia, la Universidad sufre cierres y rupturas.
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El gobernador de Jalisco Manuel M. Diéguez funda la Escuela Preparatoria de Jalisco como una institución precursora.
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El gobernador José Guadalupe Zuno instaura nuevamente la Universidad de Guadalajara, luego de 65 años de prolongada ausencia.
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En la administración del Rector Rafael Garcia de Quevedo, se crea a los Venados, quien luego dará paso a los Leones Negros.
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Con nuevas estructuras académicas y administrativas, se crea la red universitaria y la Universidad se expande en Jalisco.
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En este año se creo la Dirección General de Enseñanza Media Superior (DEMS), antecedente de lo que ahora conocemos como SEMS.
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Se aprobó la creación del SEMS teniendo a su cargo 38 escuelas.
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En 1999 se dio paso a la inauguración de los centros temáticos que conocemos hoy en día, como lo son Cucsh, Cucei, Cucea, etc.
