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Fray Antonio Alcalde y Barriga inaugura la Real Universidad de Guadalajara -
Como consecuencia de las pugnas entre gobiernos conservadores y liberales que se suscitaron después de la guerra de Independencia, la Universidad sufre cierres y rupturas, que originaron cambios de denominación alternos entre Instituto de Ciencias del Estado, Universidad de Guadalajara y Universidad Nacional de Guadalajara, de acuerdo al grupo en el poder.
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El rector el doctor José Cesáreo de la Rosa, el 16 de enero de 1826 el Congreso del Estado de Jalisco decretó la primera clausura de la Universidad
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El gobernador del Estado, José Antonio Romero, decretó la primera restauración de la Universidad y la consecuente supresión del Instituto de Ciencias. Reanudó su período rectoral, el doctor De la Rosa y se elaboraron nuevos planes de estudio, con introducción de la cátedra de Matemáticas.
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el gobernador del Departamento de Jalisco, Santos Degollado decretó la segunda clausura de la Universidad
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El gobernador y comandante general del Departamento de Jalisco, Leonardo Márquez, restauró por segunda vez la Universidad. Debió reasumir la rectoría el doctor José María Nieto del Portillo, pero al no presentarse, la ejerció el canónigo Casiano Espinosa y Dávalos, en su calidad de consiliario más antiguo.
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Con el triunfo militar de los liberales el 2 de diciembre de 1860, el gobernador del Estado, Pedro Ogazón, decretó la tercera clausura de la Universidad, con el restablecimiento de la Junta Directiva de Estudios, el Instituto de Ciencias y los Liceos de Varones y de Señoritas.
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Durante este largo lapso, la denominación Universidad de Guadalajara desapareció y sólo el último rector Juan Nepomuceno Camarena, intentó restaurarla con el título de Imperial. Sin embargo la iniciativa no prosperó, por no estar acorde con los planes del Segundo Imperio, que más bien pretendían centralizar la educación superior en la capital del país.
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El gobernador de Jalisco Manuel M. Diéguez funda la Escuela Preparatoria de Jalisco como una institución precursora.
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El gobernador José Guadalupe Zuno instaura nuevamente la Universidad de Guadalajara, luego de 65 años de prolongada ausencia. -
La reforma se materializó cuando se aprobó la nueva Ley Orgánica de la Universidad de Guadalajara. Se reconoció la autonomía universitaria en materia de planeación académica y administración de los recursos; se adoptó el modelo departamental, así como el sistema de créditos. Se crearon los centros universitarios temáticos y regionales, se conformó el Sistema de Educación Media Superior y Posteriormente se conformarían los patronatos de los centros universitarios y del SEMS.
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siendo Rector General Carlos Briseño Torres, la Universidad aprobó y entró en vigor la reforma al Bachillerato General por Competencias.
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En 2014, al inicio de la rectoría de Itzcóatl Tonatiuh Bravo Padilla, la Universidad de Guadalajara actualizó su Plan de Desarrollo Institucional, visión 2014–2030. Además, se iniciaron las gestiones para un nuevo centro universitario ubicado en Zapotlanejo, Jalisco y la Universidad de Guadalajara recibió la distinción de Benemérita por el Congreso del Estado de Jalisco.