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El 16 de julio, Gregorio IX canoniza a Francisco en Asís.
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El 19 de marzo es elegido papa el cardenal Hugolino, Protector de la Orden y amigo de San Francisco, que toma el nombre de Gregorio IX.
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Al sentir cercana a la hermana muerte, pide que lo lleven a la Porciúncula. Allí, el sábado día 3 de octubre, hacia las 19 horas, muere Francisco a la edad de 44 años. El domingo día 4 de octubre, por la mañana, el cuerpo de Francisco es trasladado a Asís, deteniéndose en San Damián, donde están Clara y sus hermanas, y recibe sepultura en la iglesia de San Jorge.
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Francisco sufre varias enfermedades, entre ellas una grave oftalmía, pero aún sigue haciendo alguna gira apostólica para predicar al pueblo. Tambien en este año compone el cantico al hermano Sol.
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Francisco se somete a varias curas dolorosas, en Asís, en Rieti, en Fonte Colombo y en algún otro lugar.
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En el mes de abril, encontrándose en Siena para un nuevo tratamiento, se agravan sus enfermedades. De regreso a Asís, se detiene algún tiempo en las "Celle" de Cortona; llega a la Porciúncula, pero aún marcha a Bagnara, en la montaña, cerca de Nocera, no lejos de Asís. Su estado de salud sigue empeorando progresivamente. Es trasladado a Asís, donde se hospeda en el palacio episcopal.
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Del 15 de agosto al 29 de septiembre, Francisco pasa la cuaresma de San Miguel en el monte Alverna, donde le son impresas las Llagas de la Pasión de Cristo. Después retorna lentamente a Asís, sin dejar de predicar allá por donde pasa.
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Francisco compone la Regla definitiva en Fonte Colombo, que es aceptada por el Capítulo de Pentecostés, 11 de junio, y aprobada y confirmada mediante bula por el papa Honorio III el 29 de noviembre. El 24-25 de diciembre, celebración de la Navidad en Greccio.
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En marzo muere fray Pedro Cattani y lo sustituye fray Elías como Vicario de San Francisco. El Capítulo de Pentecostés estudia la Regla escrita por San Francisco (llamada primera Regla o Regla no bulada) y le pide que redacte otra más breve.
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Francisco regresa apresuradamente a Italia por los problemas que han surgido en la Orden. A petición del Santo, Honorio III nombra al cardenal Hugolino protector de la Orden. Francisco se retira del gobierno de la Orden y nombra Vicario suyo a Pedro Cattani.
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El Capítulo General celebrado en Pentecostés, 26 de mayo, envía a Marruecos a los 5 protomártires de la Orden. Poco después Francisco se embarca para Acre y Damieta, y se entrevista con el Sultán de Egipto.
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En Pentecostés, 14 de mayo, se celebra en la Porciúncula el primer Capítulo General propiamente dicho. La Orden se divide en 12 Provincias y se nombran los Provinciales.
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En el mes de julio, muere Inocencio III y le sucede Honorio III, a quien Francisco pide enseguida la "indulgencia de la Porciúncula".
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En noviembre, Concilio IV de Letrán, en el que seguramente Francisco estuvo presente entre los fieles.
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Viaje de Francisco por Francia y España, camino de Marruecos. Una enfermedad le obliga a regresar a la Porciúncula.
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El 18-19 de marzo, en la noche del Domingo de Ramos, consagración religiosa de Santa Clara en la Porciúncula, dando inicio así a la II Orden franciscana o de las Clarisas. De inmediato Clara se hospeda en monasterios benedictinos hasta que, a principios de mayo, se traslada a San Damián.
En el otoño, Francisco se embarca rumbo a Siria, pero los vientos contrarios hacen fracasar el intento, y regresa a Ancona. -
La pequeña fraternidad se traslada a la Porciúncula.
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Trabaja en la restauración de las ermitas de San Damián, San Pedro y Santa María de los Ángeles o de la Porciúncula.
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Por el mes de abril, cuando oía misa en la Porciúncula, escucha el evangelio del envío de los discípulos en misión, en el que descubre su vocación evangélica y apostólica. Muy poco después, se le unen los tres primeros compañeros: Bernardo de Quintavalle, Pedro Cattani y Gil de Asís. Comienzan a misionar por la Marca de Ancona; se les unen nuevos compañeros, y Francisco los envía a predicar de dos en dos.
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Por el mes de marzo, ante el tribunal del obispo de Asís, renuncia a los bienes paternos y a la familia. Se traslada a Gubbio donde permanece unos meses sirviendo a los leprosos. Regresa a Asís, se hospeda en San Damián y viste el hábito de ermitaño.
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Fracnsico parte para la pulla, enrolado en el ejercito. En Espoleto tiene el sueño que da otro rumbo a su vida y lo hace volver a Asís, se va convirtiendo en Santo. En la segunda mitad del año comienza la conversión inicial del Santo: se va apartando de los amigos, intensifica la vida de soledad y oración, frecuenta la compañía de pobres y de leprosos, "el beso del leproso", va en peregrinación a Roma, el Crucifijo de San Damián le encomienda que "repare su Iglesia".
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Francisco, sufrió el padecimiento de un largo lapso de enfermedad.
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Francisco es liberado después del azote de la privación de su libertad, tras la batalla de Perusia, y regresa a Asís.
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La gran guerra desatada entre Perusia y Asís, en la cual francisco termina prisionero en la batalla y por consecuente es llevado a perusia.
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En marzo, los ciudadanos de asis, se convocan y asedian la fortaleza de Rocca, y es elegido el Papa Inocencio II.
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Nacimiento del gran Francisco de asis, en su bautizo, recibe el nombre de Juan.
