-
Ανασκαφές στην περιοχή Στελίδα έδειξαν ότι στο νησί υπήρχε κατοίκηση περίπου από 200.000 χρόνια πριν από σήμερα. Στους κατοίκους της παλαιολιθικής περιλαμβάνεται και ο τύπος ανθρώπου Νεάντερταλ. Έχουν βρεθεί εκατοντάδες χιλιάδες λίθινα εργαλία, με υλικό τον τοπικό πυριτόλιθο
-
Η Νάξος έπαιξε σημαντικό ρόλο στον κυκλαδικό πολιτισμό. Μεταξύ των σημαντικών αλλαγών που προέκυψαν εκείνη την εποχή ήταν η εξέλιξη της ναυσιπλοΐας, η κατασκευή και χρήση του χαλκού, η κεραμική και η επεξεργασία μαρμάρων. Στην περιοχή Γρότα στη χώρα της Νάξου, αλλά και σε άλλες τοποθεσίες στο νησί, έχουν βρεθεί πολλά κυκλαδικά ειδώλια, καθώς και άλλα ευρήματα της περιόδου του κυκλαδικού πολιτισμού (σκεύη, εγχάρακτες παραστάσεις).
-
Τα πολυάριθμα μινωικά στοιχεία καθώς και η ύπαρξη ιδιαζόντων κεραμικών στοιχείων συνεπικουρούν στην ανάδειξη της Μικρής Βίγλας ως κύριου οικισμού της περιόδου.
-
Η μυκηναϊκή πόλη της Νάξου (περίπου 1300 π.Χ.) κάλυπτε την περιοχή από την σημερινή πόλη έως τη νησίδα «Παλάτια» κι ένα μέρος αυτής ανακαλύφθηκε κάτω από την πλατεία, μπροστά από τον Ορθόδοξο καθεδρικό Ναό, στη Χώρα. Ακριβώς κάτω από την πλατεία έχει διαμορφωθεί επιτόπιο μουσείο. Το μουσείο έχει γυάλινο δάπεδο με υπερυψωμένους διαδρόμους, οι επισκέπτες διέρχονται πάνω από τα αποκαλυφθέντα ερείπια της μυκηναϊκής περιόδου. Μυκηναϊκής εποχής ευρήματα εκτίθενται στο αρχαιολογικό μουσείο της Νάξου.
-
Από τα μέσα του 8ου αιώνα π.Χ. μέχρι περίπου τον 5ο αιώνα π.Χ. η Νάξος αποκτά τον έλεγχο του ιερού, με αποτέλεσμα να αυξηθεί σημαντικά η πολιτική της δύναμη στο Αιγαίο. Κατά τον 8ο αιώνα π.Χ. ανεγείρεται έξω από την πόλη το ιερό των Υρίων, όπου λατρευόταν ο θεός Διόνυσος.
-
Το 735 π.Χ. Νάξιοι, μαζί με Χαλκιδείς ιδρύουν την πρώτη ελληνική αποικία στη Σικελία και την ονομάζουν Νάξο.
-
Η Νάξος κατοικήθηκε από τους Ίωνες, που σηματοδότησαν μια ιδιαίτερα σημαντική περίοδο για το νησί, κατά την οποία ξεκινάει και φτάνει στην κορύφωσή της η κλασική περίοδος , με παράλληλη άνθηση των τεχνών και ειδικά της γλυπτικής και της αρχιτεκτονικής.
-
Γύρω στο 540 π.Χ. έγινε η επανάσταση του Λύγδαμη με την υποστήριξη των κατοίκων της ενδοχώρας και ανέλαβε την εξουσία ως τύραννος. Η Πορτάρα, η μεγάλη μαρμάρινη πύλη που στέκεται ψηλά στη νησίδα Παλάτια, που σήμερα είναι ενωμένη με τη Χώρα της Νάξου, είναι ότι απέμεινε από το ναό του Απόλλωνα, που ξεκίνησε να χτίζεται την περίοδο του Λύγδαμη.
