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Su primer hecho importante, comienza en 1768 con la expulsión de los Jesuitas, se intenta tomar el control de las universidades y en 1826 se estructura la Universidad Republicana.
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Se mantiene el control de la Universidad por parte del estado y se adopta el modelo napoleónico de formar "buenos" ciudadanos.
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Gracias a la reforma del presidente Cipriano de Mosquera se plantea el libre comercio y la moral laica, sirviendo para promover la libertad de enseñanza.
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Mediante la ley orgánica de José María Samper, la universidad entra en un nuevo ciclo, se crea la Universidad Nacional de los Estados Unidos de Colombia en 1867 con el fin de ofrecer educación gratuita.
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La Universidad no puede ser ajena a los daños que paralelamente sufre el país a causa de la guerra, se crea el movimiento estudiantil colombiano en el cual muestra las falencias en la falta de apoyo para investigar.
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La autonomía de las universidades se ve influenciada en muchos aspectos por la política y el estado, la presencia femenina aumenta en numero en cuanto a formación y vinculación sin embargo sigue siendo minoría comparada con los hombres, se presenta inseguridad en temas de secuestro y muerte de lideres estudiantiles y personal docente.
