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Nell'area è documentata già nel IX secolo una cappella chiamata Santa Maria in Trivio, demolita nel 1257 per consentire l'erezione una chiesa più grande, in stile gotico a navata unica e triabsidata, che sarà poi consacrata a San Francesco e retta dall'Ordine francescano. -
I lavori di rifacimento cominciarono nel 1447, quando Isotta fece decorare la Cappella degli Angeli (ora di San Michele Arcangelo Fig. 15.11, a). L’anno successivo Sigismondo si occupò della Cappella di San Sigismondo