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El primer obispo de Guatemala, el licenciado Francisco Marroquín envió una carta al Rey español Carlos I el 1 de Agosto de 1548. En la cual solicitó autorización del monarca para fundar una universidad en la ciudad de Santiago de Guatemala.
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Al fallecer el Obispo Marroquín, dejó indicado en su testamento la donación de varios bienes para que se fundara un "Colegio de Artes, Teología y otras ciencias".
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En el año 1620, tras 72 años de la solicitud del Obispo Marrquín, se fundó el "Colegio Mayor Santo Tomás",el cual dependía de los dominicos.
Aunque el colegio no era una universidad, se le otorgó la autorización de acreditar títulos universitarios. Asimismo a los colegios "San Lucas" y "San Francisco de Borja". -
Luego de más de 100 años de la solicitud realizada por el Obispo Marroquín, el Obispo Payo Enríquez de Rivera envió una carta al monarca Rey Carlos II, indicando la necesidad de unauniversidad en Guatemala.
Para esta fecha, distintos países del continente como México y Perú contaban ya con universidades. -
El 5 de Julio de 1673 se recibió una Cédula Real de parte del Rey Carlos II. La Cédula expresaba la necesidad de llevar a cabo una junta con las autoridades civiles y religiosas en la Ciudad de Sanntiago. La junta expresó al Rey la necesidad de la educación superior en el país.
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El Rey español Carlos II decreta la fundación de una aniversidad en la ciudad de Santiago de Guatemala. Dicha noticia causó alegría en la población. La sede a tomar sería el Colegio Mayor Santo Tomás de Aquino. Se autorizaron siete diferentes cátedras: Teología Escolatica, Teología Moral, Cánones, Leyes, Medicina y dos cátedras de lenguas.
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La universidad contaba con 60 estudiantes. Sus estatutos se basaron en los de la Universidad de Salamanca (España) y también los de la Universidad de México.
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El doctor José de Baños y Sotomayor fue nombrado el primer rector de la universidad, cinco años después de ser fundada.
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El Papa Inocencio XI avala la creación de la Universidad. También se le otorga categoría internacional y un nombre oficial, el cual sería "Real y Pontificia Universidad de San Carlos". El nombre honra al cardenal y obispo italiano San Carlos Borromeo.
Dado este importante suceso, la universidad otorga los grados de bachiller, licenciado, maestro y doctor. -
El doctor Miguel Fernández inicia la cátedra prima. Se obtenía el título de Bachiller en Medicina y la carrera tenía una duración de cuatro años.
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Se gradúa el señor Vicente Ferrer González como bachiller en medicina.
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Este año ocurre un desastre natural que obliga a la Universidad San Carlos a trasladarse de la Ciudad de Santiago a Guatemala de la Asunción; ya que el terremoto destruyó por completo las instalaciones.
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La Universidad San Carlos finalmente se traslada a la ciudad Guatemala de la Asunción, en un solar junto a la iglesia Santo Domigo. Dicho lugar fue temporal, ya que dos años después se trasladan a su sede oficial (hoy en día MUSAC) ubicada frente al congreso de Guatemala.
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En 1821 se independizaron las Provincias de Centro América y se creo la República de Guatemala, con lo cual se modifican los estatutos de la uniersidad. La misma dejó de llamarse universidad, adoptando el nombre de Academia de Estudios. Las nuevas disposiciones pretendían brindar una ducación laica, sin ningún tipo de influencia por parte del cristianismo. Se formaron tres áreas de estudio: Ciencias Físicas, Matemáticas y Médicas; Ciencias Eclesiásticas Morales y Políticas; Literatura y Artes.
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El jefe de estado Mariano Rivera Paz, quien formaba parte de los conservadores, devuelve el nombre "universidad" a la casa de estudios superiores. La cual tomò el nombre de Universidad de Guatemala.
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Por decrete constituconal se le acredita a la Escuela de Medicina como "Facultad de Ciencias Médicas". La carrera duraba seis años (4 años teóricos y 2 años de práctica).
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Durante el gobierno de Rafael Carrera se le aisgna un nuevo nombre a la universidad: "Real y Pontificia Universidad de San Carlos de Borromeo".
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Durante el gobierno de Miguel García Granados y Justo Rufino Barrios se le da inicio a la Reforma Liberal. Debido a esto la universidad vuelve a llamarse "Universidad de Guatemala".
También se crea el Consejo Superior Universitario, una nuev entidad de gobernabilidad en a Universidad de Guatemala. -
La educación media o bachillerato se excluye de la Universidad; es asì como la universidad únicamente otorgaba los grados de licenciatura y doctorado. También se reorganizan las áreas académicas, las cuales eran: Facultad de Derecho y Notariado, Facultad de Medicina y Farmacia, Facultad de Ingeniería y Facultad de Filosofía y Letras.
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El edifico de la Escuela Normal se tranfiere a la Facultad de Ciencias Médicas y Farmacia.
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Se ignaugura la nueva sede de la Facultad con el Doctor Joaquín Yela como decano y con 68 alumnos.
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Se fundó "La Juventud Médica", en donde se cultivaban las ciencias universitarias.
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Manuel Estrada Cabrera tomó el mando del país de Guatemala. Dicho gobernante permaneció 22 años en el poder. Las leyes del gobernante generaron un movimieto nunca antes visto en los estudiantes de la Universidad; nace La Huelga de Dolores.
La universidad también cambió de nombre por Universidad Nacional "Estrada Cabrera". -
Debido a los terremotos de los años 1917 y 1918, la Facultad de Ciencias Médicas y Farmacia se trasladó al Convento de Santa Catalina Mártir.
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Luego de la caída de Manuel Estrada Cabrera, la Universidad inicia con la Asociación de Estudiantes Universitarios (AEU) y la Extensión Universitaria. Asimismo, la Universidad recupera su albedrío y vuelve a utilizar el nombre de Universidad Nacional.
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Dado a que el Convento de Santa Catalina M´rtit sufrió un incendio, la Facultad de Ciencias Médicas y Farmacia se traslado a la calle Velasco en la ciudad de Guatemala.
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Durante este año se recobra la Huelga de Dolores y se lleva a cabo el primer Defile Bufo. Hernán Marínez Sobral pinta a "La Chabela" y otros estudiantes componen el tema "La Chalana".
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El General Jorge Ubico suprime de nuevo la autnomía de la Universidad y también les concede la libertad de elegir a sus autoridades.
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Francisco Arana, Jacobo Arbenz Guzmán y Jorge Toriello convocaron una junta revoucionaria luego de la caída de Jorge Ubico; ellos eitieron el Decreto No. 12, en el cual se establece "La Autonomía de l universidad".
Más tarde, el 16 de Diciembre del mismo año la Asamblea Legislativa confirma la autonomía universitaria a nivel intitucional.
El Dr. Carlos Federico Mora fue nombrado como Primer Rector Univesitario. -
Se emite la Primer Ley Orgánica de la Universidad,por el Congreso de La República. Los estudiantes escogen al Dr. Carlos Martínez Durán como Rector Universitario, durante su período se adquirió el terreno en zona 12 y se crearon nuevas carreras como gronomñia, Veterinaria, etc.Y también se creo CUNOC.
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Durante la Guerra Interna la Universidad sufrió un período de acoso y preocupación. Varios de sus docentes, estudiantes y demás personal desaparecieron, huyeron o fueron asesinados.
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La facultad de Medicina realiza un traslado de nuevo, esta vez a lo que hoy es el Centro Universitario ubicado en zona 12 de la Ciudad de Guatemala.
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La Facultad de Ciencias Médicas se traslada al lugar donde hasta el día de hoy se encuentra, el Centro Universitario Metropolitano, más conocido como CUM.