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Mediante la bula Romanus Pontifex, el papa Gregorio XIII erigió en el Convento de Nuestra Señora del Rosario (conocido también como Convento de Santo Domingo) de Santa Fe una Universidad de Estudios Generales, aunque el Pase Regio Execuator, del rey Felipe III de España. Fue el primer claustro universitario en Colombia.
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Se fundó el colegio Santo Tomás, donde más adelante se combino con la Universidad de Estudios Generales, que promovió sus primeros egresados en 1626.
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La fusión a perpetuidad entre el Colegio y la Universidad se logró.
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Desde los claustros de la Universidad tomística y del Colegio Mayor del Rosario se acompañaron los procesos de formación de los próceres neogranadinos que impulsaron la campaña emancipadora y proveyeron del fundamento de la naciente república entre otros: Francisco de Paula Santander, Francisco José de Caldas, Camilo Torres y Antonio Ricaurte.
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Bajo el gobierno del dictador Tomás Cipriano de Mosquera, la Universidad Santo Tomás, vio cerradas sus puertas por segunda vez, al quedar está incluida dentro de la ley de supresión de comunidades religiosas y expropiación de bienes eclesiásticos
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Restauración de la Universidad Santo Tomás en Colombia por el sacerdote dominico LUIS J. TORRES GÓMEZ, OP. en la ciudad de Bogotá con los programas de ingeniería civil, derecho y ciencias políticas, economía y administración de empresas.
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Se abren las puertas a la seccional Bucaramanga, con los programas de Derecho, Ciencias Políticas, Economía y Administración de Empresas y Contaduría Publica.
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El país asistió por primera vez a la apertura de la modalidad de educación a distancia. Se le debe a la Universidad Santo Tomás, que la inició con el programa de Filosofía y Ciencias Religiosas.
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Se inauguró la seccional de Tunja.
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Se inauguro la sede de Medellín con los programas de arquitectura e ingeniería en telecomunicaciones.
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Finalmente en la Universidad llega a los llanos orientales con la Sede de Villavicencio.
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Obtiene la Acreditación Institucional de Alta Calidad bajo la modalidad Multicampus.
