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La universidad inicia su proceso histórico de fundación y construcción de la identidad hispanoamericana y nacional. En esta época inicia la semilla de la primera institución educativa del nuevo reino de granada y evoluciona hacia la universidad santo tomística mediante la Bula "Romanus Pontifex" gracias al papa Gregorio VIII en 1580
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La Universidad Santo Tomás, Primer Claustro Universitario de Colombia, fue fundada por la Orden de Predicadores (O. P.) el 13 de junio de 1580.
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Se fundó el Colegio Santo Tomás y posteriormente se fusionó con la Universidad de Estudios Generales. Nació así el Colegio-Universidad Santo Tomás que posteriormente se llamaría Universidad Tomística.
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Los claustros de la universidad tomística y el colegio mayor del rosario fueron los encargados de formar a personajes ilustres como francisco de paula santander, camilo torres entre otros neogranadinos que impulsaron la campaña emancipadora y proveyeron del fundamento la naciente república.
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Por acto administrativo de carácter dictatorial de la Presidencia de Colombia en cabeza del general Tomás Cipriano de Mosquera, la Universidad se clausuró.
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La universidad santo tomás recibe su primera restauración por el sacerdote dominico LUIS J. TORRES GÓMEZ en la ciudad de Bogota con los programas de ingeniería civil, derecho y ciencias políticas, economía y administración de empresas.
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El siete de marzo de 1973 se da inicio en cabeza de los fundadores, los doctores Luis Fernando Sanmiguel decano del programa de derecho y ciencias políticas , Alejandro Galvis Ramirez decano del programa economía y Alfonso Mejía Sarmiento decano del programa de administración de empresas.
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La Universidad Santo Tomás fue una de las pioneras en ofrecer programas con la modalidad de educación a distancia, con la cual se han formado un alto número de profesionales de diferentes regiones del país
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La universidad se instauró en la capital boyacense el 3 de marzo de 1996, dado que en Boyacá la comunidad dominicana ha mantenido una brillante tradición educativa y cultural
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El primer claustro educativo de Colombia se instaura en la ciudad de medellín con el animo de seguir educando y formando seres íntegros.
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Finalmente en 2007 la Universidad llega a los llanos orientales con la Sede de Villavicencio. En esta Sede, actualmente se ofrecen a nivel de Pregrado en la modalidad presencial, los programas de Administración de Empresas Agropecuarias, Arquitectura, Contaduría Pública, Derecho, Ingeniería Ambiental, Ingeniería Civil, Ingeniería Industrial, Ingeniería Mecánica, Negocios Internacionales y Psicología.
