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En 1548, Francisco Marroquín realiza una solicitud para la fundación de una institución educativa.
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El Rey de España Carlos II promulga la cedula real, para la fundación de la universidad, en la ciudad de Santiago de los caballeros, Antigua Guatemala, sin embargo abre sus puertas 5 años más tarde.
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2 de Octubre de 1681,Catedra prima inaugurada 5 años después de su fundación, realizada por el bachiller, Nicolás de Sousa
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El 25 de Marzo de 1688 el Dr. Miguel Fernández fue el primer catedrático propietario de la misma. En la cátedra se obtiene el título de bachiller en medicina, la carrera duraba 4 años.
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El 20 de Agosto de 1703, se graduó el primer bachiller en medicina, siendo este Vicente Ferrer González, continuó sus estudios y se doctoro el 17 de Septiembre de 1717.
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El 29 de Junio de 1773, la universidad fue azotada por un fuerte terremoto que destruyó por completo las instalaciones.
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En 1777 la universidad es trasladada a la nueva Guatemala de la asunción, siendo así el valle de la Ermita.
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En 1778 la Real Cedula española, donó el sitio para la Universidad.
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En 1779, se ordenó la construcción del nuevo edificio de la universidad de San Carlos de Guatemala.
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La universidad fue participante e impulsora mediante estudiantes y egresados, en la independencia de 1821, siendo representante José Cecilio del Valle quién redacto el acta.
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En el gobierno de Mariano Gálvez, fue eliminada la universidad, estableciéndose como una academia de estudios, con el fin de una educación Laica.
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El 7 de Noviembre de 1840, por decreto constitucional, se constituye como facultad de Ciencias Médicas.
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En 1851 finaliza la construcción de las instalaciones de la universidad lo que hoy se conoce como MUSAC, lugar que tuvo la escuela de medicina, en el MUSAC hubo un espíritu universitario donde gestó como "la chalana".
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En 1873, se le devuelve el nombre de universidad, se restituye el poder de la iglesia católica a las cátedras impartidas.
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El 13 de Enero de 1880, el edificio la escuela Normal fue transferido a la escuela de medicina y farmacia de la universidad de San Carlos. La escuela contaba con 6 salones y 4 gabinetes los cuales eran, física, bacteriología química orgánica e histología, existía un salón de redacción del periódico "La escuela de medicina"
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En 1984 se fundo la sociedad " Juventud médica", para cultivar las ciencias universitarias.
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En 1895 el instituto dental pasa a ser dependencia de la escuela de medicina y farmacia. Se reconoced el labor del Dr. Juan José Ortega como reformador de enseñanza médica.
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En 18998 la facultad de derecho y la facultad de ciencias de la salud organizan el primer desfile bufo, conocido como "Huelga de dolores", previo a la semana santa.
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de 1898 a 1820, durante el gobierno de Manuel Estrada Cabrera, la universidad tuvo que cambiar su nombre a "Universidad Manuel Estrada Cabrera".
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Nuevo terremoto destruye edificios, entre ellos la escuela de medicina, farmacia, dental y derecho.
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de 1917 a 1921, se traslado la facultad de medicina al convento de Santa Catarina de Mártir, lo que hoy en día es el conservatorio musical.
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El 4 de Mayo, la universidad logra autonomía de sus facultades, permitiendo elegir a sus autoridades, el 22 del mismo mes, se funda la asociación de estudiantes universitarios AEU.
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En 1921 nace el emblema de los huelgueros "La chabela", pintado por el estudiante Hernán Martínez, representada por el esqueleto con la leyenda "Aquí está tu son chabela"
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En 1922, se escucha por primera vez el himno de los universitarios san carlistas "La chalana", fue compuesto por los estudiantes, Alfredo Valle, José Luis Barlcarcel, David Vela y Miguel Ángel Asturias.
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Durante el gobierno de Lázaro Chacón, el Ing. José Alcaime, elaboro un proyecto de 4 edificios entre ellos la escuela dental y la escuela de medicina, el Arq. Carlos Malaú diseño el anfiteatro anatómico, la escuela de medicina y el paraninfo, el Arq. Guido Albani realizó la obra que se entrego en 1931
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Durante el gobierno de Jorge Ubico, la huelga y actividades relacionadas, quedan prohibidas
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En Junio de 1944, se dieron manifestaciones por la inconformidad de la represión Ubiquista, en donde dieron muerte a la maestra María Chinchilla.
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En 1945 el gobierno de Juan José Arévalo Bermejo otorga la autonomía a la universidad y el derecho de todos sus bienes, la unión del pueblo, ejercito y universitarios.
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En 1945, el Dr. Carlos Martínez Durán, el primer rector electo democráticamente, fue quién tomo la iniciativa de comprar los terrenos donde se ubica el actual campus central y fundó en el centro universitario de occidente (CUNOC) en Quetzalenango.
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De 1975 a 2001, se recibe a la facultad de ciencias médicas en la universidad ubicada en la z.12 campus central.
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En 1978, es asesinado el secretario general de la AEU, Oliverio Castañeda de León.
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La facultad de ciencias médicas se traslada al CUM, centro universitario metropolitano de 2001 a la actualidad, continuando con la labor: "Id y enseñad".
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La universidad de San Carlos de Guatemala , actualmente tiene 10 facultades, 9 escuelas y 13 centros regionales.
