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El primer registro que se posee sobre la intención de la creación de dicha universidad fue una hecha por el primer obispo de Guatemala, Licenciado Francisco Marroquín, ante el Rey Carlos I, monarca español, en una carta fechada el 1 de agosto de 1548 en la cual solicita la autorización para fundar una universidad en la ciudad de Santiago de Guatemala, hoy Antigua Guatemala.
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El monarca español Carlos II, a través de la respectiva Cédula Real, decreta la fundación de la Universidad. Aunque la alegría no llego a Guatemala casi 9 meses después el 26 de octubre del mismo año
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La universidad abrió por primera vez sus puertas a sesenta estudiantes debidamente matriculados.
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El Papa Inocencio XI emite una Bula (documento oficial que expresa la voluntad del Papa) avalando la creación de la universidad, con lo cual se le da categoría internacional y asignándole además su nombre oficial: “Real y Pontificia Universidad de San Carlos”.
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Tras el terrible terremoto del año de 1773, se decide el traslado de la capital del Reino de Guatemala al Valle de la Ermita, tomando la ciudad el nuevo nombre de Guatemala de la Asunción , la actual capital. Tras algunos conflictos conforme a la decisión del traslado por el desacuerdo entre quedarse e irse de esa devastada cuidad , 5 años después fue el traslado oficial de la misma en 1777.
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En 1821, con la independencia de las Provincias de Centro América, y la creación de la República de Guatemala, se modifican los Estatutos de la Universidad.
Entre los cambios mas importantes estuvieron el cambio de nombre a ¨academia¨ en lugar de universidad con el afán de una educación laica y la división de la universidad en tres facultades:
A- Ciencias Físicas, Matemáticas y Médicas.
B- Ciencias Eclesiásticas, Morales y Políticas
C- Literatura y Artes -
Bajo el gobierno conservador del jefe de estado Mariano Rivera Paz, elimina la Academia de Estudios y devuelve el nombre de “universidad” al máximo centro de estudios superiores. Ahora se le da el nombre de Universidad de Guatemala. Se devuelve el poder de iglesia católica sobre las cátedras impartidas.
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Durante el también gobierno conservador de Rafael Carrera, se le asigna un nuevo nombre: “Real y Pontificia Universidad de San Carlos de Borromeo”.
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La universidad se le suprime el título de pontificia, y el nombre cambia de nuevo al nombre laico de: Universidad de Guatemala.Todo esto a raíz de la reforma liberal.
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Se separa la educación media o bachillerato de la Universidad, quedando a esta la potestad exclusiva de otorgar los grados académicos de licenciatura y doctorado.
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Surge en este período de la historia del país y de la universidad, algo inédito hasta entonces: el movimiento estudiantil de la universidad. La Huelga de Dolores nace ese año. Se crea ante la inconformidad del gobierno de la época el cual estaba al mando de Manuel Estrada Cabrera.
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Se inicia la Extensión Universitaria, surge la Asociación del Derecho, Juventud Médica y la asociación de Estudiantes Universitarios, AEU,
La universidad recupera su albedrío; en el nombramiento de sus autoridades, catedráticos y demás empleados, en la elaboración de sus estatutos; en la administración de sus instalaciones y edificios. Para todo ello, se le otorga personería jurídica. Vuelve a utilizar el nombre de Universidad Nacional. -
Nace el tan famoso emblema de los huélgueros , la chabela. Pintada por el estudiante Hernán Martinez.
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Se escucha por primera vez el himno de guerra de los universitarios San Carlistas ¨La Chalana¨. Fue creada por José Luis Balcárcel, David Vela, Alfredo Valle Calvo y el ganador del premio Nobel Miguel Ángel Asturias , junto a José Castañeda quien creo la música.
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Bajo el gobierno de Lázaro Chacón, que la universidad recobra su nombre original: Universidad de San Carlos de Guatemala.
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El general Jorge Ubico, durante su tercer mandato (1941 – 1944) emite una nueva ley constitutiva de la universidad la cual suprime de nuevo su autonomía junto a la libertad de elegir sus autoridades, quedando el nombramiento del Rector y los Decanos que integraban el Consejo Superior Universitario, en manos del presidente de la República. También se suprime las huelgas y todas sus actividades.
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Luego de la caída de Ubico, surge, una Junta Revolucionaria, integrada por Francisco Arana, Jacobo Arbenz Guzmán y Jorge Toriello quienes emiten el Decreto No. 12, en donde se establece “la Autonomía de la Universidad”.
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La asamblea legislativa en Decreto del 16 de Diciembre de 1944 confirma la autonomía universitaria elevándola ahora a nivel constitucional.
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Se emite la primera Ley Orgánica de la Universidad, por el Congreso de la República. Se elige al primer Rector de forma democrática por estudiantes, docentes y profesionales: el Doctor Carlos Martínez Durán.
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Durante este período se adquirió el terreno de la zona 12 (en donde hoy está el Campus Central), se crearon las carreras de Agronomía, Veterinaria y Arquitectura; y además, se creó el primer Centro Universitario Departamental en Quetzaltenango.
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Representó para la Universidad, un período de acoso y persecución; muchos de sus mejores elementos (autoridades, docentes, estudiantes, trabajadores en general) fueron desaparecidos, asesinados u obligados a huir. La Universidad de San Carlos, fue una de las instituciones que más muertos puso en tal contienda.
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Asesinan al Lic. Mario Lopez Lavarre quien apoyaba abiertamente el sindicalismo en el país. Como homenaje su rostro fue pintado en el mural de la biblioteca central , nombrando el lugar con su nombre.
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Bajo el poder del General Romeo Lucas Garcia se asesina al secretario general de la AEU. Esta fue una época llena de sangre.
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La universidad cuenta con 10 facultades , 9 escualos y 13 centros regionales a lo largo del país.
También la universidad cuenta con tres medios de informacion y un verdadero espacio de informacion para las mujeres.
