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El primer obispo de Guatemala, Licenciado Francisco Marroquín envió una carta ante el Rey Carlos I, en la cual solicita la autorización para fundar una universidad en la ciudad de Santiago de Guatemala
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Se recibió una Cédula Real que ordenaba se celebrara una junta en la ciudad de Santiago para que se analizara la cuestión de fundar una universidad. A raíz de ello, dicha Junta informa al Rey sobre la importante necesidad de contar con una institución universitaria.
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El monarca español Carlos II, a través de la respectiva Cédula Real, decreta la fundación de la Universidad; documento que llegó a la ciudad de Santiago de Guatemala.
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La universidad abrió por primera vez sus puertas a sesenta estudiantes debidamente matriculados y se ignauran los estudios de la escuela de ciencias médicas.
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El Papa Inocencio XI emite una Bula la cual avalaba la creación de la universidad, con lo cual se le da categoría internacional y asignándole además su nombre oficial: “Real y Pontificia Universidad de San Carlos”.
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Se gradúa el primer Bachiller en Medicina.
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Ocurre un gran terremoto por lo que se decide el traslado de la capital del Reino de Guatemala al Valle de la Ermita. La Universidad finalmente es traslada en 1777 ocupando temporalmente un solar en la zona 1.
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Por decreto constitucional se constituye la escuela de ciencias médicas como Facultad.
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Se separa la educación media o bachillerato de la Universidad, quedando a esta la potestad exclusiva de otorgar los grados académicos de licenciatura y doctorado asimismo se reorganizan las áreas de enseñanza.
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El edificio del Colegio San Vicente de Paul que anteriormente fue expropiado por Justo Rufino Barrios es transferido a la escuela de Medicina y Farmacia y a la vez se construyeron áreas nuevas y el desinfectorio nacional.
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Se fundó la Juventud Médica para cultivar las ciencias universitarias
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En el periodo de Manuel Estrada Cabrera surge algo inédito conocido hasta entonces: el movimiento estudiantil de la universidad, mejor conocido como: La Huelga de Dolores.
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Debido a los terremotos de 1917 y 1918 la cas de estudios se traslada al convento de Santa Catarina de Mártir.
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Se inicia la Extensión Universitaria, surge la Asociación del Derecho, Juventud Médica y la asociación de Estudiantes Universitarios, AEU, luego de la caída de Estrada Cabrera
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Se organiza el primer desfile bufo, restableciéndose la “Huelga de Dolores”. Hernán Martínez Sobral pinta a la “Chabela”, José Luis Balcárcel, David Vela, Alfredo Valle Calvo y Miguel Ángel Asturias componen la “Chalana”. José Castañeda crea la música.
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Surge una Junta Revolucionaria, integrada por Francisco Arana, Jacobo Arbenz Guzmán y Jorge Toriello quienes emiten el Decreto No. 12, en donde se establece “la Autonomía de la Universidad”
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Se emite la primera Ley Orgánica de la Universidad, por el Congreso de la República. Se elige al primer Rector de forma democrática por estudiantes, docentes y profesionales: el Doctor Carlos Martínez Durán quien durante su período adquirió el terreno de la zona 12 asimismo se creó el primer Centro Universitario Departamental en Quetzaltenango.
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El inmueble que albergó durante 81 años a generaciones de estudiantes de Medicina, Farmacia y Dental es destinada como sede.
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La facultad de ciencias médicas que había permanecido en la zona 12 desde 1975 es trasladada al Centro Universitario Metropolitano (CUM).