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El primer obispo de Guatemala, el licenciado Francisco Marroquín realizó una gestión por medio de una carta enviada ante el Rey Carlos I (Reino de España), pidiendo autorización para fundar una universidad
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Francisco Marroquín fallece, pudiendo dejar un testamento de bienes para construir el Colegio Mayor de Santo Tomás.
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El obispo Payo Enríquez de Rivera envió al rey Carlos II un informe, declarando una necesidad de una institución de educación mayor.
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Rey Carlos II responde la solicitud que le había enviado el obispo Payo Enríquez de Rivera
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Se decreta la fundación de la Universidad. Luego de 5 años(7 de enero de 1681), por primera vez abrieron las puertas de la universidad integrando a 60 estudiantes.
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La Real y Pontificia Universidad de San Carlos, es el nombre de la universidad que le puso el Papa Inocencio XI, en honor a San Calos Borromeo, cardenal y obispo.
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En este año hubo un terremoto en el cual se decide el traslado de la capital del Reino de Guatemala al Valle de la Ermita.
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Luego de su fundación de hace 101 años, la universidad se traslada a la nueva ciudad, ocupando temporalmente un solar a lo que hoy es la iglesia Santo Domingo zona 1, 2 años después se traslada al MUSAC
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Con la independencia se cambian lo Estatutos de la Universidad. Cambia el nombre de "Academia de Estudios".
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Rafael Rivera Paz(jefe de estado). le devuelve el nombre a la Universidad de Guatemala.
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Rafael Carrera y su gobierno, le asigna un nuevo nombre a la universidad que es "Real y Pontificia Universidad de San Carlos de Borromeo".
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A la universidad se le suprime el titulo de Pontificia por el gobierno liberal de Miguel García Granados y Justo Rufino Barrios al nombre de "Universidad de Guatemala"
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En este año fue donde se separó la educación media o bachillerato de la Universidad, quedando así la potestad exclusiva de otorgar la licenciatura y doctorado. También se organizan las áreas de enseñanza y establecen facultades(Medicina y Farmacia, Ingeniería, Filosofía y Letras, Derecho y Notario.
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En este año nació la Asociación de Estudiantes Universitarios abreviado como AEU.
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Se hizo el primer desfile bufo, donde restablecieron la Huelga de Dolores. Hubieron artistas como: Hernán Martínez Sobral pinta a la “Chabela”, José Luis Balcárcel, David Vela, Alfredo Valle
Calvo y Miguel Ángel Asturias fueron los que compusieron la “Chalana” y José Castañeda fue el quien creó la música. -
Bajo el gobierno de Lázaro Chacón, la universidad obtiene su nombre original "Universidad de San Carlos de Guatemala".
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En este año se eleva a nivel constitucional la autonomía de la universidad.
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Se eligió al primer recto de forma democrática por los estudiantes, docentes y profesionales: el Doctor Carlos Martínez Durán
Durante el periodo se adquirió el terreno de la zona 12 (Campus Central) -
La guerra interna de nuestro país, fue un periodo de acoso y persecución. Muchos de sus mejores elementos fueron desaparecidos, asesinados y obligados a huir.