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Es la Universidad mas antigua del pais y la quinta del continente americano, fundada por la Orden de Predicadores
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Gaspar Núñez de Figueroa, en su testamento, promovió la fundación del Colegio Santo Tomás de Aquino, Bogotá.
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Se fusionó el Colegio Santo Tomás de Aquino con la Universidad de Estudios Generales. Nació así el Colegio-Universidad Santo Tomá
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La Universidad Santo Tomás tuvo que afrontar un duro pleito con las autoridades gubernamentales que intentaban crear una universidad pública a costa de la supresión de la Tomística.
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El General Francisco de Paula Santander firmó en 1826 el Reglamento de Estudios para Colombia, y la Tomística perdió con ello su calidad de Universidad de la República, quedando imposibilitada para otorgar grados, aunque siguió funcionando como colegio privado.
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La Universidad fue restablecida en 1855, aprovechando la ley de libertad de enseñanza establecida por el gobierno liberal.
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En 1861, bajo el gobierno del dictador Tomás Cipriano de Mosquera, la Universidad Santo Tomás, vio cerradas sus puertas por segunda vez, al quedar está incluida dentro de la ley de supresión de comunidades religiosas y expropiación de bienes eclesiásticos
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en acto solemne, el propio Presidente de la República, Guillermo León Valencia leyó el decreto restaurador. En él se reconocieron los cursos de Ingeniería Civil, Filosofía, Ciencias Jurídicas y Políticas, Economía y Administración así como de Filosofía y Ciencias Sociales.
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El país asistió por primera vez a la apertura de la modalidad de educación a distancia. Se le debe a la Universidad Santo Tomás, que la inició con el programa de Filosofía y Ciencias Religiosas.
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se inauguró la seccional de Villavicencio con las facultades de Administración de Empresas Agropecuarias, Comercio Exterior y Derecho, con 160 estudiantes provenientes de todas las regiones del Meta y departamentos aledaños; en el primer periodo del 2008 inicia labores la facultad de Contaduría Pública en su jornada diurna.
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En 2012 La USTA Bogotá recibió reacreditación institucional de alta calidad por 4 años más. Reacreditación del programa de Economía por 6 años, la facultad en el año 2015 cumplirá 50 años de estar al servicio de Colombia.
Nace el programa de Gobierno y Relaciones Internacionales en Bogotá -
se convierte en la primera Universidad Privada con presencia nacional en obtener la Acreditación Institucional de Alta Calidad bajo la modalidad Multicampus* Res Min. Edu. 01456 del 29 de enero de 2016, una buena noticia para toda la comunidad Tomasina, qué en sus 436 años continúan escribiendo la historia de Colombia.
