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El obispo Francisco Marroquín solicita a la corona española la fundación de una institución de educación superior.
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El 31 de enero de 1676 el rey Carlos II de España promulga la Real Cédula de fundación de la univesidad.
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5 años después de la recepción de la Real Cédula de fundación, en 1681 la universidad abre sus albergando a 60 estudiantes. La universidad comenzó impartiendo 7 cátedras:
1. Teología escolástica.
2. Teología moral.
3. Cánones.
4. Leyes
5. Medicina
y dos carreras en lenguas. -
Simultáneamente con la apertura de la universidad se inauguran los estudios de medicina, aspirando a un bachillerato, licenciatura y doctorado,
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El Dr. Miguel Fernández inicia su cátedra prima en la escuela de medicina, en esta época se obtenía el título de bachiller en medicina el cual tenía una duración de 4 años.
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El 20 de agosto de 1703 el Dr. Miguel Fernández de convierte en el primer bachiller en medicina de la universidad,
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El 29 de junio de 1773 un terremoto sacude al país, destruyendo casi por completo la ciudad, obligando así a un traslado de las instalaciones universitarias.
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En 1977 una Real Cédula dona un nuevo sitio para la universidad, trasladando así las instalaciones a Nueva Guatemala de la Asunción, siendo estas ubicadas en lo que actualmente conocemos como 9na. a 10ma. calle de la 9av a 10av zona 1.
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En 1981 la Universidad de San Carlos fue impulsadora y participante de la independencia, mediante a sus estudiantes y egresados.
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Durante el gobierno de Mariano Gálvez fue eliminada la Universidad de San Carlos debido a que buscaban un carácter laico para esta. Estableciendo así la universidad como una academia de estudios.
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El día 7 de noviembre de 1840 la escuela de medicina por decreto constitucional se constituye como Facultad de Ciencias Médicas.
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En 1868 el arzobispo Francisco de Paúl compra el terreno conocido como el "Amatitancito"; Para así en 1870 inaugurar el Colegio Clerical, construido en este terreno
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El 13 de enero de 1880 el edificio del Colegio Clerical es transferido a la escuela de medicina y farmacia de la academia de estudios.
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En 1883 se restituye el poder de la iglesia católica sobre las cátedras impartidas, devolviéndole el título de Universidad a la institución.
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En 1985 el instituto dental pasa a ser dependencia de la Facultad de medicina y farmacia.
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En 1898 Se unen las facultades de Derecho y Ciencias de la Salud para organizar un desfile bufo mejor conocido como "Huelga de dolores", desfile realizado previo a la Semana Santa.
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Durante este período de dictadura de Estrada Cabrera la universidad, bajo amenazas, tuvo que cambiar su nombre a Universidad Estrada Cabrera
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En 1917 la Facultad de medicina, farmacia y odontología es trasladada a lo que hoy en día conocemos como el Conservatorio Nacional de música,
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El 4 de mayo de 1920 es una fecha importantísima para la Universidad de San Carlos de Guatemala, debido a que la institución logra la autonomía de todas sus facultades.
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El 22 de mayo de 1920 se funda la Asociación de Estudiantes Universitarios (AEU), en honor Oliver Castañeda de León, quien fue asesinado.
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En 1921 la Facultad de medicina se trasladó a un edificio ubicado en la 12 calle poniente No. 22, propiedad del Dr, José Azurdia. Todo esto debido a un incendio que azotó las instalaciones.
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En 1921 nace el emblema de los huelgueros. Conocida como "La Chabela" esta fue pintada por el estudiante de medicina Hernán Martínez, este es considerado el primer símbolo femenino sancarlista.
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En 1922 se escucha por primera vez el himno de guerra de los universitarios sancarlistas "La Chalana", compuesto por los estudiantes: Alfredo Valle Calvo, José Luis Valcárcel, David Vela y el Premio Nobel de Literatura Miguel Ángel Asturias.
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En 1927 el Alma Mater retoma el nombre de Universidad de San Carlos de Guatemala
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Durante el gobierno del mandatario Jorge Ubico tanto la huela de dolores, así como otras actividades son declaradas prohibidas.
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En marzo de 1945 el congreso promulga la primera ley orgánica de la Universidad de San Carlos de Guatemala
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En 1970 fue violada la autonomía de la universidad mediante uno invasión militar.
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En el año de 1972 después de años de prohibiciones la huelga de dolores se restituye sin interrupción alguna.
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En el año de 1975 la Facultad de Ciencias Medicas es trasladada a la Ciudad Universitaria, donde permanecería durante 26 años.
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En 1985 el gobierno guatemalteco vuelve a cometer un acto de violación en contra de la autonomía universitaria, nuevamente con una invasión militar en la Ciudad Universitaria.
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A partir del año 2001 la Facultad de Ciencias Médicas, se traslada al Centro Universitario Metropolitano (CUM), instalaciones ubicadas en la zona 11 capitalina. Instalaciones en las que se mantiene hasta hoy día.
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En la actualidad la Universidad de San Carlos de Guatemala cumplirá 345 años desde su fundación. Debido al surgimiento del virus Sars-cov-2 (Coronavirus) el se convierto en una pandemia y a puesto en alarma a todos los países, la universidad se ve obligada a continuar con sus labores de enseñanza de manera virtual.
