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Desde los años de la vida colonial se sintió la necesidad de contar con una universidad en la ciudad de Santiago de Guatemala, para eso el capitán Pedro Jerez de Suarez y el obispo Francisco Marroquín hicieron las gestiones necesarias ante el rey de España para que se creara una universidad en la capital de Guatemala
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La primera sede fue establecida en Antigua Guatemala por iniciativa del obispo Francisco Marroquín
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Fue cuando el rey Carlos II de España promulga la gran cedula de fundación de la universidad.
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La universidad abrió sus puertas albergando a 60 estudiantes, sus instalaciones estaban divididas en tres de los colegios de mayor prestigio de aquella ciudad la universidad inicio sus actividades impartiendo siete carreras, entre ellas teología escolástica, teología moral, cánones, leyes, medicina y dos de lenguas otorgando los grados de bachiller licenciado maestro y doctor esto para cubrir las necesidades que en esa época tenia el país.
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se inauguran los estudio de medicina en el universidad, o sea 5 años después de la fundación de la universidad. La principal catedra fue impartida por el bachiller Carlos de Sousa, esto fue por un era real acuerdo.
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El doctor Miguel Fernández, de origen español, inicia la catedra prima como el primer catedrático propietario de ella. Es esa época se obtenía el titulo de bachiller en medicina, no existían los títulos de licenciatura y doctorado en medicina.
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Se graduó el primer bachiller de la facultad de medicina, fue don Vicente Ferrer González, ya como bachiller en medicina continuo su estudio y se doctoro en el año de 1717
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La ciudad Santiago de los Caballeros hoy Antigua Guatemala fue sacudida por un fuerte terremoto, que la destruyo casi por completo. Este hecho obligo a la universidad a trasladarse a otro sitio
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Debido al terremoto la universidad se traslada al Valle de la Ermita y siguiendo con los proyectos de Marcos Ibáñez esta es entonces asignada en el terreno ancado, lo que hoy conoceremos modernamente como de la 9° a la 10° calle y la 9° y 10° avenida.
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La universidad fue participante e impulsora mediante sus estudiantes y egresados de la independencia de Guatemala, siendo el principal representante José Cecilio del Valle, a quien se le atribuye la redacción de dicha acta
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Durante el gobierno liberal del Doctor Mariano Gálvez fue eliminada la universidad, estableciéndose como una academia de estudios, esto con el fin de responder a una educación laica, durante estos años es redactada por profesionales de la universidad la primera declaración de derechos humano en Guatemala, impulsada por la declaración de derechos del hombre y del ciudadano emitida en 1789 en Francia y la declaración del buen pueblo de Virginia en 1776.
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La escuela de medican por decreto constitucional se constituye como la Facultad de ciencias medicas, la carrera duraba 6 años, 4 de teoría y dos de practica hospitalaria.
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Fue durante el gobierno de Rafael Carrera que se llamo pontificia universidad de San Carlos De Borromeo, a la máxima casa de estudios, esto porque la Iglesia Católica reconocía como patronos a San Carlos de Borromeo y a Santa Teresa de Jesús.
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El predio "el manzano" fue comprado por el arzobispo Francisco de Paula ahí construyeron un colegio clerical, con el nombre de colegio de San Vicente de Paul; este colegio fue expropiado en 1873 por Justo Rufino Barrios y fundo allí la primera escuela normal.
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La escuela normal fue transferida a la escuela de ciencias medicas y farmacia se construyen nuevas áreas y lo que se conoció como el desinfectorio nacional; la inauguración como edificio universitario fue el 17 de octubre del mismo año , siendo su decano el doctor Joaquín Yela y teniendo 68 alumnos de los cuales la mitad eran de origen centro americano. En aquel lugar y como puede apreciarse la escuela de medicina y farmacia contaba con 6 salones de clases, cuatro gabinetes.
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Tras derrocar al Doctor Mariano Gálvez, se restituye el poder e la iglesia católica sobre las cátedras impartidas y le le devuelve el nombre de universidad.
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se fundo a iniciativa del decano de la sociedad lo que se conoció como la juventud medica, para cultivar allí las ciencias universitarias, en 1895 el instituto dental, pasa a ser dependencia de la escuela de medicina y farmacia, es justo reconocer la labor del doctor Juan Jose Ortega, como reformador de la enseñanza medica y de los hospitales contiguos a la escuela de medicina y farmacia y dental, se encontraba el hospital general con sus dos niveles, sus dos patios y diversas salas de pacientes
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este centro de estudios ha sufrido varias modificaciones y en ciertos momentos y hasta censuras pero a pesar de ellos y gracias a espíritu de libertad y lucha de los universitarios y en defensa de los derechos de la población, realizaron un desfile denominado huelga de dolores y un periódico que nace en la facultad de medicina denominado no nos tientes con el fin de denunciar su inconformidad con el gobierno de turno
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Durante el gobierno de Manuel Cabrera, la universidad bajo amenazas de aquel regimén tuvo que cambiar su nombre a universidad de Estrada Cabrera
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Al caer la dictadura y mediante una asamblea nacional, la universidad adquiere autonomía sobre sus facultades la cual les permitía escoger a sus autoridades. es el 22 de mayo del mismo año que se funda la asociación de estudiante universitarios (AEU) bajo el concepto de organizar al estudiantado y guiarlo hacia un futuro promisorio.
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Nace el emblema de los huelgueros "La Chabela" pintada por el estudiante Hernán Martínez y representada por un esqueleto que bailando con la mano izquierda en el aire y la derecha en el pubis con la leyenda "aquí está tu son Chabela" se convirtió en el primer símbolo estudiantil femenino
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se escucha por primera vez el himno de guerra de los universitarios san carlistas "La Chalana" . Este canto fue compuesto por Alfredo Valle Calvo, José Luis Valcárcel, David Vela y el premio novel de literatura Miguel Ángel Asturias.
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Durante el gobierno de Lázaro Chacón es cuando el alma mater retoma el nombre de universidad de San Carlos de Guatemala con el cual la conocemos hasta hoy.
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Cuando Jorge Ubico llega al gobierno de Guatemala prohíbe la huelga y todas sus actividades, dando origen a un represión, la cual provoco el descontento de la población.
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El descontento de la población do origen a la revolución del 44, con una serie de manifestaciones en una de las cuales se dio muerte la maestra María Chinchilla, la cual dio origen al derrocamiento de Ubico.
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La asamblea legislativa de este año, ratificó la autonomía de la universidad , se promulga la primera ley orgánica de la universidad. El primer rector electo tuvo la idea de comprar los terrenos en los que se encontraba ubicada la universidad.
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Hasta el año 1972, se restituye la huelga de dolores, y desde entonces no se ha vuelto a suspender.
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El gobierno de Guatemala vuelve a caer en manos militares, con el General Kjell Eugenio Laugerud García, dando inicio a un nuevo periodo de represión sobre los estudiantes
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Es asesinado el licenciado Mario López Larrabe quien apoyo abiertamente el sindicalismo en el país. Como homenaje su rostro fue pintado en el mural de la biblioteca central de la universidad denominando a este lugar plaza sindical Mario López Larrabe.
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Entra al poder el general Romeo Lucas García, ese mismo año en octubre es asesinado el secretario general de la AEU Oliverio Castañeda. Esta fue una época pintada de sangre para los universitarios.
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Con el cambio de mandatarios, las amenazas contra los San carlistas sucedieron dentro de la propia universidad, en 1982 es asesinado el licenciado Leonel Carrillo Rivas, quien un año antes fuera rector de dicho plantel.
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Traslado de la facultad al CUM
