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Licenciado Francisco Marroquín, ante el Rey Carlos I, monarca español, en una carta fechada el 1 de agosto de 1548 solicita la autorización para fundar una universidad en la ciudad de Santiago de Guatemala.
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El 5 de julio de 1673 se recibió una Cédula Real que ordenaba se celebrara una junta en la ciudad de Santiago para que se analizara la cuestión de fundar una universidad. A raíz de ello, dicha junta informa al Rey sobre la importante necesidad de contar con una institución universitaria.
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El monarca español Carlos II, a través de la respectiva Cédula Real, decreta la fundación de la Universidad; documento que llegó a la ciudad de Santiago de Guatemala el 26 de octubre del mismo año.
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5 años después de su autorización, la universidad abrió por primera vez sus puertas a sesenta estudiantes debidamente matriculados.
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Papa Inocencio XI emite una Bula avalando la creación de la universidad, con lo cual se le da categoría internacional y asignándole además su nombre oficial: "Real y Pontificia Universidad de San Carlos".
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Se inaguran los estudios de medicina en la Universidad de San Carlos, la inicial catedra prima fue realizada por el Bachiller Nicolas de Sovia.
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Primer Rector de la naciente Universidad, el doctor José de Baños y Sotomayor.
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Dr. Miguel Fernández de origen Español inicia la catedra prima como el primer profesor propietario de ella.
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La Universidad de San Carlos se traslada a la nueva ciudad, ocupando temporalmente un solar junto a lo que hoy es la Iglesia de Santo Domingo, zona 1.
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Con la independencia de las Provincias de Centro América y la creación de la República de Guatemala, se modifican los Estatutos de la Universidad. Así entonces, bajo el influjo de las nuevas ideas derivadas de la Revolución Francesa, se suprime la institución "universidad", y se le da el nuevo nombre de "Academia de Estudios".
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El jefe de estado Mariano Rivera Paz, elimina la Academia de Estudios y devuelve el nombre de "universidad" al máximo centro de estudios superiores.
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La escuela de Medicina se constituye como Facultad de Ciencias Médicas.
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En 1875, a la universidad se le suprime el título de pontificia, y el nombre cambia de nuevo al nombre laico de: Universidad de Guatemala.
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La primera escuela Normal, el 13 de enero de 1880, es transferida a la facultad de Medicina y Farmacia.
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Surge en este periodo de la historia del país y de la universidad, algo inédito hasta entonces: el movimiento estudiantil de la universidad. La Huelga de Dolores nace ese año. La universidad cambia su nombre, denominándose ahora: Universidad Nacional "Estrada Cabrera".
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Se organiza entonces el primer desfile bufo, restableciéndose la "Huelga de Dolores". Hernán Martínez Sobral pinta a la "Chabela", José Luis Balcárcel, David Vela, Alfredo Valle Calvo y Miguel Ángel Asturias componen la "Chalana". José Castañeda crea la música.
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La Facultad de Ciencias Médicas se mueve al convento de Santa Catarina de Mártir; pero un incendio obligó nuevamente a un desplazamiento hacia el inmueble con dirección 12 calle, Belasco, propiedad del Dr. José Azurdia.
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Bajo el gobierno de Lázaro Chacón, la universidad recobra su nombre original: Universidad de San Carlos de Guatemala.
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En 1944, se emite el Decreto No.12, en donde se establece "la Autonomía de la Universidad", la que entra en vigor el 1 de diciembre de ese año.
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En 1945, se emite la primera Ley Orgánica de la Universidad por el Congreso de la República.
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La guerra interna (1963 - 1996) representó para la Universidad, un periódo de acoso y persecución; muchos de sus mejores elementos (autoridades, docentes, estudiantes, trabajadores en general) fueron desaparecidos, asesinados u obligados a huir.
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La Facultad de Medicina se integra a la Ciudad Universitaria en la zona 12 de la Ciudad de Guatemala.
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La Universidad de San Carlos de Guatemala tiene una diversidad de facultades, escuelas y centros regionales.
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La Facultad de Medicina se coloca como sede el Centro Universitario Metropolitano (CUM) ubicado en zona 11.
