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En 1548 el Obispo Francisco Marroquín solicito al España la fundación de una institución de enseñanza superior con la ayuda de Pedro Crespo hicieron las gestiones necesarias ante el rey de España para crear una Universidad en la Antigua Guatemala
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En el año 1676 desde su fundación la Universidad de San Carlos de Guatemala a formado a profesionales de diversas ramas del conocimiento. Siendo esta la cuarta universidad mas antigua en América y la primera en la región de Centro América.
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Fue el 31 de enero de 1676 cuando el Rey Carlos II de España promulga la Real Cédula de fundación de la Universidad, la cual 5 años mas tarde abre sus puertas iniciando con un grupo de 60 estudiantes. Sus instalaciones estaban divididas en tres de los colegios de mayor prestigio de esa ciudad.
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El terremoto de 1676 sacudió a la ciudad de Antigua Guatemala, por lo que en 1677 se traslado a la Nueva Guatemala de la Asunción.
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en 1831 tras derrocar al Dr. Mariano Gálvez siendo jefe edil del Estado el Conservador Mariano Rivera Paz se restituye el poder de la iglesia católica sobre las cátedras impartidas
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Durante el gobierno Liberal de Dr. Mariano Gálvez fue eliminada la Universidad estableciéndose como una academia de estudios con el fin de responder a una Educación Laica.
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Fue durante el gobierno conservado de Rafael Carrera que se le cambio el nombre a Real Pontificia Universidad de San Carlos de Borromeo a la máxima casa de estudios.
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Durante el gobierno de Manuel Estrada Cabrera bajo el régimen de dicho gobierno la Universidad tuvo que cambiar su nombre a Universidad Estrada Cabrera.
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en 1898 se unen las facultades de de derecho y ciencias de la salud para organizar un desfile bufo conocido como huelga de dolores se realizo previo a la semana santa de 1898.
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El 4 de mayo de 1920 la universidad logra su autonomía de sus facultades lo cual le permitía a cada una elegir sus autoridades. EL 22 del mismo mes se funda la Asociación de Estudiantes Universitarios.
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En 1922 se escucha por primera vez el Himno de los estudiantes sancarlistas "La Chalana"
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En la actualidad la universidad cuenta con 10 facultades, 9 escuelas y 13 centros regionales
