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Fue el primer obispo de Guatemala, el licenciado Francisco Marroquín, quien redacta una carta al rey Carlos I de España para solicitarle la creación de la universidad.
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El obispo Payo Enríquez de Rivera redactó un informe con destino a España, para que el rey Carlos II cediera el permiso para la institución de una educación superior.
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El rey Carlos I de España, por medio de la Cédula Real decreta la fundación de la universidad.
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La universidad abre sus puertas, iniciando ciclo lectivo con sesenta estudiantes debidamente matriculados.
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Dan inicio los estudios de Medicina en la universidad, cinco años después de su fundación
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El papa Inocencio XI le otorga la categoría internacional a la universidad nombrándola "Real y Pontificia Universidad de San Carlos"
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El Doctor Miguel Fernández, de origen español, inicia la cátedra prima como el primer catedrático propietario de ella.
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Se gradúa Vicente Ferrer González, el primer bachiller en medicina de la Universidad de San Carlos de Guatemala
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Debido al terremoto de 1773, la universidad es trasladada a la "Nueva Guatemala de la Asunción" , ocupando un solar junto al Templo de Santo Domingo en la zona 1
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La Universidad de San Carlos es trasladada nuevamente al edificio que actualmente se conoce como MUSAC, sobre la 9a avenida, zona 1
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Los estudiantes y egresados de la Universidad de San Carlos se involucran en el proceso de independencia. Se modifican los estatus de la universidad y se dividieron en tres los estudios.
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El jefe de estado Mariano Rivera Paz destituyó el nombre de "Academia de estudios" y lo remplazó nuevamente a "Universidad" denominada entonces Universidad de Guatemala.
También se crea la Facultad de Ciencias Médicas por decreto constitucional -
Durante el gobierno conservador de Rafael Carrera se le asigna un nuevo nombre a la universidad: "Real y Pontificia Universidad de San Carlos de Borromeo"
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Debido a la Reforma Liberal de Justo Rufino Barrios y Miguel García Granados, el título de "Pontificia" es suprimido y se adquiere un nombre laico: "Universidad de Guatemala"
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Se separa la educación media o bachillerato de la educación superior, quedando únicamente con la potestad de otorgar grados académicos de licenciado y doctor. Se reorganizan las áreas de enseñanza en tres facultades.
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La Facultad de Ciencias Médicas y Farmacia se traslada nuevamente a un edificio ubicado actualmente entre la 12 calle y 1 avenida de la zona 1 donde contaba con seis salones de clase,
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Se fundó, a iniciativa del decano, la Juventud Médica, para cultivar las ciencias médicas
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Toma posesión de la presidencia Manuel Estrada Cabrera, quien permanece en el poder 22 años; surge el movimiento estudiantil universitario, por lo que nace la Huelga de Dolores.
También se permitieron las elecciones de autoridades universitarias, siempre y cuando se respetara la ideología política. -
Luego de la caída de Estrada Cabrera, se inicia la extensión universitaria, surge la Asociación de Derecho, la Asociación de Estudiantes Universitarios AEU y la Junta Médica
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Se organiza el primer desfile bufo, reorganizándose la Huelga de Dolores, se pinta al símbolo de todo sancarlista: la "Chabela", y se compone la "Chalana"
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Durante el tercer período presidencial de Jorge Ubico (1941-1944) se emite una nueva ley en la que se suprime la autonomía de la universidad.
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Tras la caída de Jorge Ubico, se crea una Junta Revolucionaria, constituida por Francisco Arana, Jacobo Árbenz y Jorge Toriello quienes le regresaron la autonomía a la Universidad de San Carlos de Guatemala
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Se emite la primer Ley Orgánica de la Universidad. Esto permite elegir al rector de forma democrática por estudiantes y docentes.
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Los estudiantes y los docentes se ven involucrados en luchas que buscan la paz, la igualdad y el respeto a todos los ciudadanos por parte de las autoridades. Como consecuencia, muchas vidas fueron tomadas, así como aumentaron las tasas de desaparecidos.
