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A sus 70 años llega a Guadalajara como el vigésimo segundo obispo de la diócesis de Nueva Galicia.
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El rey Carlos IV otorga la cédula de la fundación de la Real Universidad de Guadalajara
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Abre sus puertas la Real Universidad de Guadalajara con las cátedras de medicina, derecho, teología y filosofía.
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Poco antes del fallecimiento de Fray Antonio, dedicó el hospital a la humanidad doliente, desde entonces la universidad y el hospital mantienen vigente el trinomio de investigación, docencia y asistencia en el área de la salud.
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En los inicios del México independiente, las pugnas entre los gobiernos liberales y conservadores, la universidad experimentó diversos cierres y re-aperturas, así como cambios en su nombre: Instituto de Ciencias del Estado, Universidad de Guadalajara, Universidad Nacional de Guadalajara y Universidad Imperial de Guadalajara
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Luego de la guerra de reforma y el Interregno Universitario, debido a las dificultades de la época hicieron que la universidad no pudiera funcionar de manera integrada durante 60 años.
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El Gobernador Manuel Macario Diéguez´fundó la Escuela Preparatoria de Jalisco, este acontecimiento formaba parte del proyecto educativo, liberal y laico que buscaba concretar los ideales de la Revolución mexicana.
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Durante la feria de Guadalajara, el Ing. Juan Salvador Agraz impartió una conferencia con el tema "Proyecto de la fundación de la Universidad de Guadalajara"
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Luego del discurso del Ingeniero, el gobernador de Jalisco José Guadalupe Zuno convocó la la conformación organizadora de la universidad, esta comisión discutió y estudió los planes de estudio de las escuelas y facultades, así como el proyecto de la Ley Orgánica de la Universidad de Guadalajara que aprobó en congreso del estado.
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Bajo la bóveda del Teatro Degollado, se encontraron maestros, estudiantes, familiares y autoridades para presenciar la re-fundación de la Universidad de Guadalajara.
El gobernador José G. Zuno nombró como rector a Enrique Díaz de León -
Debido a los descontentos de la sociedad, el Gobernador Sebastián Allende clausuró la universidad y el 26 de febrero del año siguiente estableció la dirección de estudios superiores del estado de Jalisco, la educación e investigación pasó a ser del estado.
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El congreso restauró la Universidad de Guadalajara y nombró rector a Constancio Hernández Alvirde
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Se inició la descentralización de la educación media superior y superior, expandiéndose a otras regiones del estado.
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El rector Raúl Padilla López presenta ante el consejo el texto "red universitaria de Jalisco, modelo básico de organización"
Esto facilitó la descentralización de la Universidad y marcó un antes y un después para la Universidad de Guadalajara como hoy la conocemos