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La enfermedad se asocia a fuerzas intangibles y misteriosas que acompañan a aquellos cuerpos extraños o espíritus malvados que se introducen dentro una persona. Las enfermedades en el hombre y en las plantas, así como su desarrollo están sometidas a creencias relacionadas con eventos naturales de gran repercusión (terremotos, erupciones, inundaciones y cometas).
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La medicina religiosa (teoría punitiva) se vale de elementos deificados en razón de que los dioses son sobrenaturales y son los responsables de las enfermedades al utilizarlas como un castigo contra aquellos hombres que han cometido un crimen. En cuanto a la agricultura, las primeras enfermedades infecciosas de plantas fueron registradas en el año 2000 a. C. y se utilizaron las mismas técnicas religiosas basadas en conjuros, ofrendas a dioses y sacrificios de animales para tratarlas.
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Existen numerosos personajes que aportaron al desarrollo de la teoría microbiana, principalmente investigadores dedicados al estudio de enfermedades vegetales que aportaron la primera prueba auténtica experimental. Entre estos se encuentra la inoculación de esporas de hongos en plantas sanas por Antón de Bary; Isaac-Bénédict Prévost con la asociación de las esporas a las caries del trigo y, aislamiento de esporas de plantas enfermas para su re-inoculación por Duhamel du Monceau.
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La teoría cósmica plantea que las estrellas y los planetas afectan el comportamiento de las personas y de las plantas, concediéndole un lugar privilegiado a la luna por sus efectos gravitacionales. Se crearon horóscopos agrícolas en la agricultura primitiva e indígena que constituyen una guía basada en ciclos lunares para las fechas de siembra y actividades mensuales con el fin de preservar la salud de las plantas y obtener una buena cosecha.
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El mundo físico está compuesto de cuatro elementos: tierra, aire, fuego y agua que poseen las cuatro cualidades de la naturaleza: calor, frío, sequía y humedad. Su acumulación o bloqueo causa la enfermedad. La terapia de enfermedades vegetales, después de la combinación de los principios nutricionales, la ley de los opuestos, la sangría y teoría humoral, se basa en una dieta balanceada que sigue teniendo vigencia actualmente puesto que afecta tanto al hospedero como al agente causal.
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Esta teoría considera que los miasmas son exhalaciones pútridas y vapores liberados por la materia orgánica en descomposición, que al difundirse por el aire y ser inhalados por las personas estas se enferman (XIX). La teoría del miasma no fue acogida por la fitopatología antigua, y al igual que los humanos estos vapores/gases al entrar en contacto con las plantas pueden generar enfermedades externas, dañando las plantas, su proceso de floración y se reduce su rendimiento.
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La formulación de la teoría del germen resultó de las investigaciones de Louis Pasteur y Robert Koch, fundamentando el concepto moderno de causalidad en observación experimental y atributos como la asociación, temporalidad y dirección. El concepto de causalidad fue refinado por las investigaciones de Robert Koch al adoptar un marco operacional y experimental para el estudio de la tuberculosis, usando métodos de aislamiento, purificación y re-inoculación.
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De acuerdo a Galeno, existe la “causa eficiente” de la enfermedad que posee dos características principales: la causa inicial y la causa antecedente. La causa inicial comprendía factores ambientales como el frío y el calor, y la antecedente incluía la predisposición del cuerpo a ser afectado por una determinada enfermedad. En cuanto a Keitt, este se refirió a causa directa y secundaria (las condiciones ambientales) para explicar las enfermedades en las plantas.