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La primera sede fue establecida en Antigua Guatemala gracias al Obispo Francisco Marroquín y el Capitán Pedro Cresto Suárez quienes solicitan una institución de educación superior haciendo las gestiones necesarias ante el Rey de España.
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Tras la muerte del Obispo Francisco Marroquín y debido al patrimonio que logró recolectar a través de sus años de arzobispado el cual sirvió para que se fundara la Universidad de San Carlos.
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En este año se establece el Colegio Mayor de Santo Tomás de Aquino en Antigua Guatemala, el cual sería la primera sede de la universidad y abriría sus puertas albergando a 60 estudiantes.
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El obispo de aquella época Fray Enríquez envía un informe al rey Carlos II solicitando nuevamente la creación de una universidad en la ciudad de Santiago de Guatemala. Esta nueva solicitud tuvo éxito y, en 1676 la Corona autorizó la fundación de la universidad guatemalteca.
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El rey Carlos II decreta la fundación de la universidad gracias a la solicitudes del Obispo Fray Enríquez en la ciudad de Guatemala de la Asunción.
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Gracias al decreto de fundación de la Universidad de San Carlos esta abre sus puertas a la población guatemalteca y dando inicio consigo al inicio de labores de la Facultad de Ciencias Médicas en el cual su primer catedrático fue el doctor Miguel Fernández
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Toma posesión como primer rector de la Universidad de San Carlos el doctor José de Baños.
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Durante este año el papa Inocencio XI categoriza internacionalmente y nombra a la universidad como: " Real y Potifícia Universidad de San Carlos".
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Se graduó el primer médico de la Facultad de Ciencias Médicas el doctor Vicente Ferrer González.
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El doctor José Felipe Flores orientó la reforma de la enseñanza media,introduciendo las ciencias básicas como énfasis en filosofía y anatomía y utilizó como recurso las figuras de modelos de cera como demostraciones en el hospital.
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Debido al gran terremoto que hubo aquel año que dejó en ruinas a la ciudad de los caballeros (Antigua Guatemala) se tuvo que hacer el traslado de la universidad a la "Nueva Guatemala de la Asunción".
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Esparragoza y Gallardo fundan el colegio de cirujanos para instruir a personas sin educación escolástica universitaria, muchos de los estudiantes eran indígenas y el objetivo de este colegio era producir personal médico para mejorar la calidad de la salud en dicha área.
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Durante el período de gobierno del doctor Mariano Gálvez y ante las demandas de una educación laica se le quita el nombre de universidad y se le nombra como "Academia de estudios".
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Se crea la academia de estudios encargada de revisar la educación media.Se introduce la enseñanza de Farmacología,Higiene,Patología,Diagnóstico físico y Terapéutica.Se lleva a cabo el adiestramiento práctico.
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Se dió inicio a la estructura moderna de la facultad de medicina que produjo en sus inicios un graduando por antildeo durante los primeros 8 años, además se formó la Sociedad Profesional de Medicina y cirugía y la reglamentación dele ejercicio de la profesión médica en Guatemala.
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Se vuelve a renombrar a la universidad y se le coloca el nombre de: "Real y Pontifícia Universidad de San Carlos de Borromeo" debido a que la iglesia reconocía como patronos de la universidad a San Carlos de Borromeo y a Santa Teresa de Jesús.
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Se crearon las nuevas cátedras de Obstétrica, Farmacología Terapéutica y Medicina Legal.
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Fue clausurada la facultad de medicina.
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Se vuelve a renombrar a la universidad y se le da un nombre laico el cual es "Universidad de San Carlos ".
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Se inician las actividades nuevamente con un plan de estudio de 5 años para los universitarios.
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La educación media y la universidad se separan dando el surgimiento de la escuela pública elemental que reformó la legislación educativa anterior.
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Se publica la primera revista científica "Unión médica" de la facultad de medicina.
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Se establece el internado del hospital San Juan de Dios combinando el servicio y la enseñanza.
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El doctor Estévez fundó la cátedra de anatomíatológica.
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Se inicia la autonomía de la Universidad de San Carlos y con ella la modificación de la política educativa que existía .Se organiza un plan de estudios con visión modernista ,se plantea la necesidad del servicio social médico rural pero este al final no se realizó.
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Se institucionaliza el internado rotatorio y los convenios bilaterales entre los hospitales y la facultad de ciencias médicas.
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Se cambia la enseñanza a módulos en los años posteriores se realizaron cambios de acuerdo a las enseñanzas académicas y se estructuraron programas,áreas y unidades de estudio.
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Se inicia la evaluación facultativa con la aplicación de estrategias de análisis prospectivos.
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Se inició la adecuación del currículo y la actualización del pénsum de estudios.
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Se principia la reordenación del pénsum de estudios y la organización longitudinal y transversal de contenidos en función del perfil egresos, las demandas sociales y científicas de una facultad con perspectivas al tercer milenio.
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Se organiza un equipo de trabajo conformado por grupos operativos (GOT), para la conformación de la dinámica estructural que guía las modificaciones de la guía de estudio.
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La Facultad de Ciencias Médicas cambia de ubicación y se traslada al CUM ( Centro Universitario Metropolitano) donde sigue estando hasta la fecha.
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La universidad firma un convenio con el Ministerio de Salud Pública y Asistencia Social en el cual acuerdan la creación y administración académica de la carrera de Licenciatura en Enfermería en grado de licenciatura.
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Se modifica el sistema de fases de niveles de formación profesional y sus niveles que son: nivel básico, que comprende los 3 primeros años de la carrera;Nivel específicos que comprende cuarto y quinto año y Nivel profesional que comprende el último año de la carrera.
