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La historia de la Universidad de Guadalajara inicia casi a la par de la época colonial en la región occidental del país, con el antecedente del Colegio de Santo Tomás, fundado en 1591 por los miembros de la Compañía de Jesús.
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Fray Antonio Alcalde y Barriga, obispo de la Nueva Galicia, gestiona ante el rey Carlos IV la creación de una universidad semejante a la de Salamanca y logra que en el año 1792 se inaugure solemnemente la Real y literaria Universidad de Guadalajara
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Entre 1826 y 1860 y como consecuencia de las constantes pugnas entre gobiernos conservadores y liberales la Universidad sufre cierres y reaperturas, alternando su nombre entre Instituto de Ciencias del Estado de Jalisco y Universidad de Guadalajara, según el grupo en el poder.
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En 1914 se crea la Escuela Preparatoria de Jalisco
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En 1925 se reconoce la fundación de la Universidad de Guadalajara
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Se expide su primera Ley Orgánica.
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Durante los años ochentas, la Universidad de Guadalajara se declara como una institución educativa nacionalista, democrática y popular.
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En el año 1989, durante el rectorado del licenciado Raúl Padilla López, se inicia el proceso de reforma universitaria que actualiza el modelo académico.
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En el año 2005 se crea el Sistema de Universidad Virtual, que ofrece los servicios educativos desde el ambiente virtual a todas las regiones del país y el mundo.
