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En contraste, las regiones donde más tarde emergerían Wari y Tiwanaku aún no mostraban signos de organización estatal avanzada. La iconografía religiosa del sur andino (SAIS), con elementos como la Cabeza Radiada, tenía raíces en estilos anteriores como Yaya-Mama y Pucara, pero aún no se había sistematizado como un símbolo unificador.v
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Durante el Periodo Intermedio Temprano, la cultura Moche alcanzó un alto desarrollo en la costa norte del Perú, con complejas estructuras sociales y un elaborado arte ceremonial. Sin embargo, a pesar de su sofisticación, no llegó a conformar un estado unificado, sino una red de "poliarquías de pares". Simultáneamente, en el altiplano, el sitio de Pucara representó una importante tradición ceremonial, aunque colapsó entre 200 y 400 d.C., dejando un vacío regional.
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A partir de mediados del siglo VII, se produce una transformación histórica en los Andes. Dos centros hasta entonces menores, Huari (Wari) y Tiahuanaco (Tiwanaku), emergen como civilizaciones con estructuras urbanas, gobiernos estatales y proyección regional. Uno de los cambios más significativos es la aparición casi simultánea en ambos centros de una nueva iconografía religiosa: el panteón SAIS, que incluye al Dios del Báculo, la Cabeza Radiada y los Asistentes de Perfil
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Ambos centros colonizan el valle de Moquegua (sur de Perú): Wari en la parte alta, con el centro fortificado de Cerro Baúl, y Tiwanaku en zonas más bajas, como Omo. No hay evidencia de conflicto directo, lo que refuerza la idea de coexistencia negociada. Esta expansión marca el inicio de una fase imperial o proto-imperial.
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Durante esta etapa, Wari y Tiwanaku consolidan sus esferas de influencia. Wari adopta una estrategia imperial clara: construye centros administrativos provinciales como Pikillacta en el Cuzco, Viracochapampa en el norte o Sondondo, reorganizando asentamientos y sistemas agrícolas para beneficio del centro. Su estilo arquitectónico ortogonal, la cerámica polícroma y textiles de tapiz marcan una “identidad internacional” Wari que se impone en distintas regiones.
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En arquitectura, Tiwanaku transforma su centro ceremonial, introduciendo construcciones como el templo Kalasasaya y el gran complejo Akapana. Se cambia el calendario lunar por uno solar, indicando observaciones astronómicas avanzadas. Simultáneamente, Huari se expande desde aldeas preexistentes, reorganizando su territorio en base a una arquitectura administrativa estandarizada.
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Wari se expande como imperio, reorganizando territorios con arquitectura estatal. Tiwanaku difunde su religión e identidad a través de bienes culturales. Tiahuanaco se convierte en centro de peregrinación y símbolo del orden cósmico andino. Ambas civilizaciones logran establecer redes culturales extensas, pero Wari desarrolla un aparato estatal más evidente, mientras Tiwanaku se presenta como un modelo cultural-religioso con menor intervención administrativa directa.
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Ambos centros comienzan a declinar, en el caso de Tiwanaku, investigaciones actuales apuntan a una probable sequía prolongada que afectó gravemente la agricultura de campos elevados. La ciudad fue abandonada gradualmente, y su iconografía religiosa desapareció completamente del altiplano. No hay evidencia arqueológica clara de destrucción violenta ni invasiones, lo que sugiere un colapso ecológico y político silencioso.
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Huari también fue abandonada de forma paulatina. Excavaciones recientes muestran que estuvo habitada por lo menos hasta el final del Horizonte Medio (hacia 1050–1100 d.C.). La desaparición de su iconografía y organización estatal marca una ruptura profunda. En las regiones altoandinas, las ciudades colapsan, y la complejidad política se fragmenta, dejando paso a un periodo de descentralización prolongado.
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Este vacío sería llenado casi cinco siglos después con el surgimiento del Imperio Inca, que heredaría parcialmente, aunque transformándolas, muchas de las innovaciones ideológicas y administrativas desarrolladas por Wari y Tiwanaku.