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Al fundarse en 1586, el Colegio de Santo Tomás de Aquino a cargo de la Compañía de Jesús, inició en Guadalajara la impartición de la enseñanza media y superior y se otorgaron los primeros grados académicos.
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En 1695 se estableció el Colegio de San Juan Bautista, para reforzar la educación impartida por los jesuitas.
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El 12 de julio de 1696, el obispo fray Felipe Galindo y Chávez en el documento Benedictionem dabit Legislator, comunicó a sus diocesanos que había pedido al rey Carlos II, que elevara al rango de universidad al recientemente fundado Real Seminario Conciliar de San José. Y así se inició casi un siglo de gestiones, para obtener la fundación de la Universidad de Guadalajara, cronológicamente la segunda de México, la cuarta de América del Norte y la decimocuarta de Iberoamérica.
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El 12 de diciembre de 1771, entró en Guadalajara su vigésimo segundo obispo, fray Antonio Alcalde y Barriga, quien vendría a impulsar definitivamente la fundación de la Universidad.
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el 18 de noviembre de 1791 el rey Carlos IV otorgó la cédula real de la fundación de la Real Universidad de Guadalajara
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Con el repicar de la campanita del correo, el 26 de marzo de 1792 se recibió con gran júbilo en Guadalajara, la Cédula Real de la Fundación de la Universidad.
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En medio de la conmoción de la incipiente comunidad universitaria y de todo el Obispado, el 7 de agosto de 1792, falleció su gran benefactor fray Antonio Alcalde.
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Tras casi cien años de gestiones ante la corona real española y con la decisiva intervención de Fray Antonio Alcalde y Barriga, obispo de Guadalajara, el 3 de noviembre de 1792 se inaugura la Real Universidad de Guadalajara, que cronológicamente se convierte en la segunda de la Nueva España.
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Desde entonces, el devenir de la Universidad se encuentra relacionado con la historia de la nación mexicana; así, entre 1826 y 1860, y como consecuencia de las pugnas entre gobiernos conservadores y liberales que se suscitaron después de la guerra de Independencia, la Universidad sufre cierres y rupturas, que originaron cambios de denominación alternos entre Instituto de Ciencias del Estado, Universidad de Guadalajara y Universidad Nacional de Guadalajara, de acuerdo al grupo en el poder.
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En 1914, el gobernador de Jalisco Manuel M. Diéguez funda la Escuela Preparatoria de Jalisco como una institución precursora.
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Una década después, en 1925, el gobernador José Guadalupe Zuno instaura nuevamente la Universidad de Guadalajara, luego de 65 años de prolongada ausencia.
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Muy pronto se elaboraron los planes de estudios de las escuelas y facultades y el proyecto de Ley Orgánica, que aprobó el Congreso del Estado el 7 de septiembre de 1925.
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Durante su primer periodo, luego de ser instaurada la Universidad de Guadalajara por el Gobernador José Guadalupe Zuno, se eligió el lema universitario "Piensa y Trabaja" y se formularon los reglamentos de las dependencias universitarias.
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El 31 de agosto de 1990, el Consejo General Universitario aprobó la realización de una amplia consulta entre la comunidad universitaria y la sociedad
