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Con el logro de la Independencia, se mantiene la estructura básica con cuatro ministerios.
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Con este acontecimiento inicia el procesos de diversificación del sistema administrativo en materia de estructura y funciones.
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Comienza la institucionalización del gobierno, obteniendo competencias, por ejemplo, en materia educativa, servicios de correos y telégrafos, y la construcción de obras publicas, entre otros.
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Los ministerios siguieron creciendo y para el gobierno de Porfirio Díaz se incrementaron a ocho, se implemento en el presupuesto la partida doble. una gran contribución fue la creación de esta secretaria.
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Con la promulgación de la Constitución sera necesario la reforma administrativa para alcanzar los ideales revolucionarios, con ello, se promueve la Ley de Secretarias que configura los órganos centrales en secretarias y departamentos administrativos.
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Para sistematizar el apoyo a diferentes secretarias y realizar estudios para mejorar la Administración Publica se da la creación de este departamento (1918-1932).
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La creación de esta secretaria causo gran auge y se le otorgo la mayor partida económica.
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Es asignada como unidad autónoma para la elaboración del Presupuesto de la Federación.
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En este periodo, la estructura de la administración centralizada fue reorganizada hasta tres veces, y con las Leyes de Secretarias de Estado y Departamentos Administrativos.
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Establece a la Administración Pública como pilar para el desarrollo del capitalismo impulsando la actividad económica y la eficiencia en el servicio publico.
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Se introduce la Secretaria de la Presidencia para formular los objetivos y procedimientos de la planeación económica y social del país. En esta reforma integral es creada la Comisión de Administración Pública (CAP), en 1965.
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Sustituyo a la CAP y queda a cargo de las actividades en materia administrativa.
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Con el gobierno de José López Portillo, en medio de la crisis económica y social, propone tres vías de acción: la alianza para la producción, la reforma política y la reforma administrativa. Esta ultima deroga la Ley de Secretarias y Departamento de Estado (1958).
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Este programa contenía dos grandes objetivos: a) Transformar la Administración Publica en una organización eficaz, eficiente y con cultura de servicio; b) combatir la corrupción y la impunidad. Las acciones de modernización implementadas durante este periodo permitieron sentar las bases de nuevos valores y conductas de la administración moderna en las instituciones publicas.
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Las influencias de organismos internacionales apoyaron esta modernización administrativa con la Declaración del Milenio.
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La estrategia estuvo a cargo de la Secretaria de Hacienda y Crédito Publico, la Secretaria de Gobernación y la Secretaria de la Función Publica.
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Conjuntamente con los Manuales Administrativos de Aplicación General, también se emite este acuerdo, para eliminar las normas administrativas innecesarias y homologar la operación de los procesos de adquisiciones, obra, recursos financieros, recursos humanos, recursos materiales, tecnologías de la información, transparencia, auditoria y control.