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En 1821, con el logro de la independencia, se mantiene la estructura básica con cuatro misterios; empero, para 1855 con la creación del quinto ministerio el Ministerio de Relaciones Interiores, inicia el proceso de diversificación del sistema administrativo en materia de la estructura y funciones.
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Para 1861, con la separación entre el Estado y la Iglesia, comienza la institucionalizacion del gobierno, obteniendo competencias, por ejemplo en materia educativa, servicios de correos y telégrafos, y la construcción de obras publicas entre otros.
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En el periodo de maximiliano, el Ejecutivo Federal incrementa su poderío con nuevas instituciones para el control de los grupos sociales; se establece el impuesto sobre la renta y es creada la Ley General de Pensiones Civiles de Retiro, como apoyo a los empleados públicos que por diversas razones tendrían que abandonar el servicio
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Luego, de la llegada de Miguel Alemán a la presidencia, se publica la Ley de Secretarias y Departamentos del estado, que establece que la administración publica como pilar para el desarrollo del capitalismo, impulsando la actividad económica y la eficiencia en el servicio publico
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Para los siguientes gobiernos, esta fue la base de programación-planeacion; esta reforma administrativa trataba de agilizar, hacer eficaz y modernizar el aparato administrativo
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La CAP se concentra en dictaminar la mas estructura de la administración publica y sus posibles modificaciones, también propone reformas a la legislación y las medidas de administración que procedan.
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Para 1966, se decreto el programa de administración que contiene dos grandes objetivos; transformar la administración publica en una organización eficaz, eficiente y con cultura de servicio y combatir la corrupción y la impunidad.
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En 1971 es creada la secretaria de la presidencia y la direccion general de estudios administrativos DGEA, que sustituyo a la CAP, y queda a cargo de las actividades en materia de reforma administrativa.
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Con estos y otros fundamentos jurídicos se publico el Plan nacional de Desarrollo y para apoyar y auxiliar las medidas de modernización administrativas establecidas, se implementaron acciones de reorganización de las secretarias de estado; la reforma municipal el sistema civil de carrera; el sistema de coordinación del secretariado técnico de los gabinetes; la simplificación administrativa y la participación social.
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Para el 2009, entre la secretaria de hacienda y crédito publico, la secretaria de gobernación y la secretaria de la función publica, determinaron una estrategia para reforzar el marco normativo interno de cada institución y, al mismo tiempo, homologar los procesos y la eficiencia de la administración publica federal, por lo que se elaboraron los llamados manuales administrativos de aplicación general.
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También se emite un acuerdo presidencial para eliminar las normas administrativas innecesarias y homologar la operación de los procesos de adquisiciones, obra recursos financieros, recursos materiales, tecnologías de la información, transparencia, auditoria y control.