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En 1821, con el logro de la Independencia, se mantiene la estructura básica con cuatro ministerios, en 1861, con la separación entre el Estado y la Iglesia, comienza la institucionalización del gobierno, en este periodo, la Administración Pública adquiere un carácter típicamente capitalista pues el Estado pretende el papel de actor principal de la sociedad.
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Con la promulgación de la Constitución de 1917, se promueve la Ley de Secretarías que configura los órganos centrales en secretarías y departamentos administrativos, para mejorar la Administración Pública fue creado el Departamento de Contraloría (1918-1932), la Secretaría de Educación Pública, creada en 1921, para 1928 la Secretaría de Hacienda es asignada como unidad autónoma para la elaboración del Presupuesto de la Federación.
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En este periodo, la estructural de la administración centralizada fue reorganizada hasta tres veces, la Ley de Secretarías y Departamentos de Estado (1946), establece a la Administración Pública como pilar para el desarrollo del capitalismo, se introduce la Secretaría de la Presidencia, es creada la Comisión de Administración Pública (CAP), en 1965.
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La Comisión de Administración Pública se concentra en dictaminar la más adecuada estructura de la Administración Pública, se crean organismos descentralizados, empresas de participación estatal, numerosos fondos, comisiones y fideicomisos, a esta fase se le conoce como “modernización administrativa”.
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En este periodo, el papel de la sociedad civil en relación a la participación de la planeación nacional recobra importancia, el gobierno de Salinas de Gortari atiende cuatro vertientes: i) desconcentración y descentralización; ii) desreglamentación administrativa; iii) agilización de trámites; y iv) modernización integral de los sistemas de atención al público, para 1996, se decretó el Programa de Administración Pública, se elaboran los Manuales Administrativos de Aplicación General.
