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En el cabildo de Tunja, los españoles solicitaron que los Jesuitas fundaran un colegio para que los hijos de estas familias de distinción pudieran formarse allí para no tener que movilizarse a Santa Fe. lo llamaron COLEGIO COMPAÑIA DE JESUS
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El capitan Francisco Avendaño ofrece sus predios por un valor de 3.000 pesos, en donde firman la escritura para construir el convento y a su vez la iglesia de san Ignacio.
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Hasta marzo fue el colegio de Tunja, luego fue convertido en noviciado, a su vez comienza la construcción del colegio e los Jesuitas y la iglesia de San Ignacio.
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San Pedro Claver llega a Tunja a prepararse para su misión en Cartagena, en donde colaboró con los quehaceres del noviciado
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En el año de 1630 se inaugura el colegio de los jesuitas
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El 1 de Agosto de 1767 a las 4 de la mañana el Oidor Don Benito y Montenegro, comisionado por el Virrey Pedro Messia de la Zerda y en compañía del corregidor de Tunja con Domingo Antón de Guzmán y de otras personas de Tunja se presentaron al Colegio de los Jesuitas en donde se leyó el Real Decreto de Expulsión. Se encontraban 10 sacerdotes Jesuitas, 4 estudiantes de tercera probación, 7 coadjutores profesos, 17 novicios, 13 estudiantes y 4 coadjutores.
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Desde 1767 a 1777 el inmueble estuvo abandonado, allí se instauro el hospital de caridad de Tunja, dirigido por los padres San Juan De Dios.
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El Colegio de Boyacá inicio labores el 20 de Octubre de 1822, en el Claustro de San Agustín desde su translado al Convento de los Jesuitas, en 1935 fue sede exclusiva de la Seccion Masculina. El hospital de la caridad se traslada a el Claustro San Agustin.
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Se traslado los estudios del Colegio y la Universidad. Esta construcción de arquitectura Colonial y Republicana con caracteres Neoclásicos que se levanta en el marco de la Plaza de Bolívar, es el símbolo que encierra la identidad histórica y pedagógica de este colegio que es decano de la Educación Pública Boyacense y Colombiana
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Desde 1921 - 1935, fue sede exclusiva de la Seccion Masculina.
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La integración de los niños y las niñas, de los dos últimos años de media Vocacional, iniciada en 1969, con 15 niñas en 5º de Bachillerato, bajo la Rectoría del Doctor José Antonio Martínez.
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Hasta el dia de hoy funciona el colegio de Boyaca, sede mixta en donde su alumnado son jóvenes de los grados décimo a once con un sistema tradicional es decir bachiller Académico.
